محمد حسین فلاحی - دانشجوی کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
حسین مرادی شهربابک - استادیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
محمد مرادی شهربابک - استاد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
رستم عبدالهی آرپناهی - استادیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی ابوریحان، دانشگاه تهران

هدف از این پژوهش برآورد میزان نامتعادلی پیوستگی، تعیین ساختار بلوک­های تک جوری (هاپلوتیپی) و اندازه موثر جمعیت گاومیش آذربایجانی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP پراکنده در سراسر ژنگان (ژنوم) حاصل از تراشه­های متراکمK 90 (SNPchip 90k) بود. حیوان های مورد بررسی و ارزیابی 243 راس گاومیش آذربایجانی پراکنده در استان­های گیلان، اردبیل، آذربایجان شرقی و آذربایجان غربی بود. پس از کنترل کیفیت داده­های نژادگانی (ژنوتیپی)، 62141  SNP برای تجزیه وتحلیل ساختار جمعیت، شناسایی ساختار تک جور­ها و اندازه موثر جمعیت استفاده شد. بیشترین میانگین نامتعادلی پیوستگی در کل جمعیت در فاصله بین 5/2 کیلو جفت باز تا 5 کیلو جفت باز بین 25/0-29­/0 و کمترین میانگین نامتعادلی پیوستگی (r2) در فاصله 900-1000 کیلو جفت باز بین 014/0-012/0 به دست آمد. مقدار r2 با افزایش فاصله میان جفت SNPها کاهش زیادی نشان داد. در کل نمونه­های تجزیه شده، 1693 بلوک مشاهده شد که 11 درصد کل SNPها درون بلوک­های تک جوری خوشه­بندی شدند و 4/3±202 مگا جفت باز از کل ژنگان اتوزومی را پوشش می­دهند.اندازه موثر جمعیت با استفاده از آماره (r2) محاسبه شد. اندازه موثر جمعیت حدود دو نسل پیش نزدیک به 422 برآورد شد.

اندازه موثر جمعیت, بلوک تک جوری, چند شکلی تک نوکلئوتیدی, گاومیش, نامتعادلی پیوستگی