امین مرتضوی - دانشجوی دکتری، ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
امیر رشیدی - استاد، ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
مصطفی قادری- زفره ئی - استادیار زیست سامانه های محاسباتی، گروه علوم دامی دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران
پرهام مرادی - دانشیار رایانه، گروه مهندسی کامپیوتر، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران

هدف از این پژوهش، شناسایی ژن ها و کاوشگرهای هاب ناشی از ایجاد شبکه های بیزی در داده­های بیان ژن  و کاوشگری در بافت های مختلف گونه گاو با استفاده از داده های ریزآرایه DNA بود. با استفاده از داده­های خام بیان ژن و کاوشگری در هر بافت، ژن ها و کاوشگرهایی که عامل بیشترین میزان واریانس بیان ژن بودند، شناسایی شده و سپس شبکه بیزی، برای آن ها برازش داده شد. ژن­ها و کاوشگرهای هاب با استفاده از نسبت فراسنجه­های درجه درون و بیرون شناسایی شدند. اندازه پوشش مارکفی در شبکه­های مختلف متفاوت بود که به احتمال بیانگر وجود زیرساختارهای ساختارشناختی (توپولوژیکی) برای شبکه­های یادشده در بافت­های مختلف است. در روش شبکه ژن محور­، در بافت ماهیچهCBR1 ،LOC788826 ، در بافت پستانیNID2 ، COL5A2، LOC616942،FXYD3 ، در بافت کبدی LOC100132279،MGC127133 ، MBOAT2،CLDN2 ، ANKRD1، در بافت رحم IGFBP1، DGAT2، CKMT1، ISG15، CKMT1 و در بافت تخمدانLOC286871  وINHBA  به عنوان ژن های هاب شناسایی شدند. هم­چنین در روش ایجاد شبکه کاوشگر محور، مشخص شد که دو ژن JSP.1 و BOLA-DQB در بافت­های کبد و رحم فعال هستند. ولی این ژن­ها در روش ژن محور در ایجاد شبکه ژنی به عنوان ژن هاب استخراج نشدند.

توپولوژی, شبکه بیزی, هاب