تاثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی های ژنگانی
عنوان مقاله: تاثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی های ژنگانی
شناسه ملی مقاله: JR_IJAS-49-1_008
منتشر شده در شماره 1 دوره 49 فصل در سال 1397
شناسه ملی مقاله: JR_IJAS-49-1_008
منتشر شده در شماره 1 دوره 49 فصل در سال 1397
مشخصات نویسندگان مقاله:
ناهید پرنا - دانشجوی کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
اردشیر نجاتی جوارمی - دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
مصطفی صادقی - دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
رستم عبداللهی آرپناهی - استادیار، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران
خلاصه مقاله:
ناهید پرنا - دانشجوی کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
اردشیر نجاتی جوارمی - دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
مصطفی صادقی - دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
رستم عبداللهی آرپناهی - استادیار، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران
با دسترسی به اطلاعات نشانگرهای تک نوکلئوتیدی (SNP)، پیشبینی شایستگی ژنتیکی افراد بدون اطلاعات پدیدگانی (فنوتیپی) با استفاده از ارزیابی ژنگانی (ژنومی) امکانپذیر شده است. لیکن، استفاده از تراشه (چیپ) های متراکم برای ارزیابی همه افراد جمعیت مقرون به صرفه نیست. برای دستیابی به بیشترین بازدهی در بررسی های ژنگانی میتوان گروهی از حیوان ها را با تراشههای با تراکم بالا و دیگر افراد را با تراشههای کمتراکم تعیین نژادگان (ژنوتیپ) کرد، سپس آن ها را به تراکم بالا اسناد (ایمپیوت) کرد. در این بررسی، تاثیر سه تراشه کمتراکم (1k، 2k و 4k)، اسناد شده به تراکم بالای 10k و رابطه خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیتهای تایید بر درستی ارزیابی ژنگانی و نیز همبستگی ارزشهای اصلاحی برآوردشده در تراشههای مختلف با استفاده از داده همانند سازیشده، بررسی شد. برای ساختن تراشههای کمتراکم، 10، 20 و 40 درصد از نشانگرهای 10k به صورت تصادفی انتخاب شدند. اسناد کردن (ایمپیوتیشن) با استفاده از نرمافزار FImpute صورت گرفت. به طورکلی با افزایش تراکم نشانگری، همبستگی بین ارزشهای اصلاحی برآوردشده به دست آمده از تراشههای مختلف افزایش پیدا کرد. به گونه ای که، درستی ارزیابی ژنگانی تراشه کمتراکم 4k و تراشه متراکم 10k همسان بودند. همچنین پس از اسناد کردن نژادگانهای تراشه 4k به 10k، تفاوتی بین درستی ارزیابیهای ژنگانی ایجاد نشد. با افزایش فاصله جمعیت مرجع و جمعیتهای تایید، درستی اسناد کردن کاهش یافت.
کلمات کلیدی: رابطه خویشاوندی, نشانگر, همانند سازی
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1015743/