با توجه به تجربیات فراوانی که طی سالیان گذشته حاصل شده باید با شناسایی و اولویت بندی آسیب ها و چالش های قانون مالیات بر ارزش افزوده و نحوه اجرای آن، نسبت به رفع آنها در لایحه دائمی کردن قانون مالیات بر ارزشافزوده که در تاریخ ۲۳ / ۱۲ / ۱۳۹۵ از سوی دولت به مجلس شورای اسلامی تقدیم شده است، اقدام کرد. در گزارش پیشرو تلاش شده است با توجه به اظهارنظر خبرگان اقتصادی و مالیاتی درباره این قانون و نحوه اجرای آن، نظرات بخش خصوصی و دستگاه های اجرایی و شرایط عینی مشاهده شده در بازدیدهای میدانی کارشناسان مرکز پژوهش های مجلس از بنگاه ها و شهرک های صنعتی، مهمترین آسیب های وضعیت موجود نظام مالیات بر ارزش افزوده در کشور احصا و ارائه شود.
به طور خلاصه اهم مسائل و چالش ها در این رابطه را می توان ذیل نقایص و اشکالات در حوزه قانون و مسائل و مشکلات اجرایی دسته بندی کرد. برخی از مهمترین مسائل و اشکالات موجود در قانون آزمایشی ارزش افزودده عبارتند از: -عدم تعریف برخی مفاهیم کلیدی قانون یا ابهام در تعاریف آنها، - ابهام درخصوص مالیات بر ارزش افزوده مناطق آزاد تجاری- صنعتی، - مسائل و مشکلات مرتبط با تاریخ تعلیق مالیات، - فرایند دادرسی نامناسب و ناکارآمد، - معافیت های متعدد و قطع زنجیره اخذ مالیات بر ارزش افزوده از کالاها و خدمات، - ممیزمحوری و رواج شیوه علی الراس در نظام رسیدگی و تشخیص مالیات. برخی از مهمترین مسائل و چالش های منبعث از نحوه اجرای قانون عبارتند از:
- مسئله استرداد اعتبار مالیاتی مودیان، - مسئله ایجاد شرکت های صوری، - تعدد آیین نامه ها و بخشنامه های صادره، - نبود وحدترویه رسیدگی، تشخیص و وصول مالیات