شناسایی مقیاس گسترده نشانگرهای مولکولی ریزماهواره در گیاه دارویی زنیان (Trachyspermum ammi) با استفاده از توالییابی RNA
عنوان مقاله: شناسایی مقیاس گسترده نشانگرهای مولکولی ریزماهواره در گیاه دارویی زنیان (Trachyspermum ammi) با استفاده از توالییابی RNA
شناسه ملی مقاله: JR_PGRLU-6-1_002
منتشر شده در در سال 1398
شناسه ملی مقاله: JR_PGRLU-6-1_002
منتشر شده در در سال 1398
مشخصات نویسندگان مقاله:
مهدی سلطانی حویزه - Department of Agronomy and Plant Breeding Sciences, Aburaihan Campus, University of Tehran, Tehran, Iran
سیداحمد سادات نوری - Department of Agronomy and Plant Breeding Sciences, Aburaihan Campus, University of Tehran, Tehran, Iran
وحید شریعتی - Department of Plant Molecular Biotechnology and NIGEB Genome Center, National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology, Tehran, Iran
محبوبه امیریپور - Department of Agronomy and Plant Breeding Sciences, Aburaihan Campus, University of Tehran, Tehran, Iran
خلاصه مقاله:
مهدی سلطانی حویزه - Department of Agronomy and Plant Breeding Sciences, Aburaihan Campus, University of Tehran, Tehran, Iran
سیداحمد سادات نوری - Department of Agronomy and Plant Breeding Sciences, Aburaihan Campus, University of Tehran, Tehran, Iran
وحید شریعتی - Department of Plant Molecular Biotechnology and NIGEB Genome Center, National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology, Tehran, Iran
محبوبه امیریپور - Department of Agronomy and Plant Breeding Sciences, Aburaihan Campus, University of Tehran, Tehran, Iran
گیاه دارویی زنیان یک منبع غنی از ترکیبات فعال دارویی و دارای اثرات مختلف دارویی است. با توجه به اینکه نشانگرهای ریزماهواره دارای نقش کلیدی در ژنوم و مرتبط با ژنها بویژه در بیوسنتز متابولیتهای ثانویه در گیاهان دارویی هستند، لذا در این مطالعه، از توالییابی ترنسکریپتوم زنیان برای اولین بار جهت شناسایی نشانگرهای ریزماهواره استفاده شد. پس از انجام توالییابی توسط پلتفرمIllumina HiSeq 2000 بصورت دو طرفه، ارزیابی کیفیت خوانشها توسط نرمافزار FastQC، تریمکردن با نرمافزار Trimmomatic و یکپارچهسازی نوپدید با استفاده از نرمافزار Trinity انجام گردید. در این پژوهش، 11468 توالی یونیترنسکریپت (7913توالی یونیژن) حاوی 13593 ریزماهواره بالقوه یافت شد. فراوانترین نوع ریزماهوارهها، دینوکلئوتیدها (67درصد) و ترینوکلئوتیدها (24درصد) بودند. همچنین تکرارهای ششتایی فراوانترین تکرارها بودند و توالی غالب، AG/CT (31درصد) بود. 65درصد ریزماهوارهها از ریزماهواره کلاس دوم (10 تا 20 نوکلئوتید) و 35 درصد از ریزماهواره کلاس اول (بیش از 20 نوکلئوتید) بودند. فراوانی ریزماهوارهها تقریبا یک در هر 10.1 کیلو باز توالی یکپارچه شده بود. 57.9درصد یونیژنهای حاوی ریزماهواره، با ژنوم هویج بلاست شدند. تعداد 3437 یونیژن (43درصد) دارای دستهبندی کارکردی بودند که از میان آنها تعداد 2219 یونیژن (64.6 درصد) به دسته "فرآیند متابولیکی" و 71 یونیژن (2.1درصد) به دسته "فرآیند متابولیکی ثانویه" تخصیص داشت. در این تحقیق 12 ژن در مسیر پایه بیوسنتز ترپنوئیدها شناسایی شدند که ترنسکریپت مربوط به آنها دارای ریزماهواره بود. این ریزماهوارهها احتمالاً در بیان ژنها و تولید متابولیتها بویژه متابولیتهای ثانویه نقش دارند. معرفی این نشانگرها میتواند برای مطالعات آینده انتخاب به کمک نشانگر، تنوع ژنتیکی و ساخت نقشههای ژنتیکی در این گیاه دارویی مورد بهرهبرداری قرار گیرد.
کلمات کلیدی: Apiaceae, Terpenoids, Transcriptome, Secondary metabolic, آپیاسه, ترپنوئیدها, ترنسکریپتوم, متابولیتهای ثانویه
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1162723/