در لایحه بودجه سال ۱۳۹۹ نسبت به قانون بودجه سال ۱۳۹۸ ، به ۳۱.۱۱۱ میلیارد ریال رسیده است. اعتبارات تملک دارایی های سرمایه ای ملی بخش کشاورزی و منابع طبیعی نیز در لایحه بودجه سال ۱۳۹۹ نسبت به قانون بودجه سال ۱۳۹۸ ، ۴ / ۳ درصد کاهش داشته است. مجموع اعتبارات ردیف های متفرقه بخش کشاورزی و منابع طبیعی نیز در لایحه بودجه سال ۱۳۹۹ ، ۹ / ۹ درصد نسبت به اعتبار مصوب در قانون بودجه سال ۱۳۹۸ کاهش یافته است. در ردیف های متفرقه مرتبط با بخش کشاورزی و منابع طبیعی، اعتبارات ردیف های یارانه ای ۸ درصد افزایش، اعتبارات ردیف های درآمد- هزینه ۶ / ۶ درصد کاهش و اعتبارات ردیف های موردی نیز ۲۱ درصد کاهش یافته اند. بررسی بودجه شرکت های دولتی بخش کشاورزی نیز حاکی از زیانده بودن اکثر این شرکت ها به دلیل ساختار معیوب اجرای سیاست های حمایتی توسط آنهاست. درنهایت پیشنهادهایی جهت اصلاح ساختار بودجه ای بخش کشاورزی و منابع طبیعی، از قبیل تاکید بر صرفه جویی و افزایش بهره وری آب مصرفی، اصلاح نحوه تخصیص ارز به کالاهای اساسی، طراحی و پیاده سازی الگوی کشت بهینه و اصلاح زیرساخت های تولید محصولات اساسی با استفاده از توانمندی داخلی در تامین نهادهها ارائه شده است.