بیژن محمودی - گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان، اهواز، ایران
جمال فیاضی - دانشیار دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان
هدایت اله روشنفکر - استاد،دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی رامین، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور
محسن ساری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان، تخصص: تغذیه نشخوارکنندگان/گاو شیری/ گوسفند/گاومیش/ روشهای آزمایشگاهی/ کشت پیوسته دو
محمدرضا بختیاری زاده - دانشیار،پردیس ابوریحان، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک مولکولی/ بیوانفورماتیک

هدف این پژوهش شناسایی lncRNA­های دخیل در کنترل فعالیت مسیرهای بیولوژیکی موثر در بروز اسیدوز بود. به این منظور دو گروه گوساله شامل گروه شاهد (۳ گوساله نر سالم) و گروه بیمار (۳ گوساله نر مبتلا به اسیدوز) بهصورت مقایسه­ای مورد مطالعه قرار گرفتند. توالییابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq۲۵۰۰ انجام شد. از نرمافزار Hisat۲ برای همترازی خوانش­ها با ژنوم مرجع گاو و بسته نرمافزاری StringTie جهت سرهم­بندی رونوشت­ها استفاده شد. با استفاده از توالییابی نسل بعد، ۱۶۳۶ ژن متعلق به lncRNAهای شناختهشده بین ژنی شناسایی شد که تغییرات بیان ۵۶ ژن معنی­دار بود (۰۵/۰P≤). ژن­های هم­جوار lncRNAهای شناختهشده بین ژنی روی ژنوم گاو هلشتاین تعیین شدند. نتایج نشان داد با سطح احتمال ۰۵/۰P≤، پنج مسیر بیولوژیکی Apelin signaling pathway، Gap junction، Glucagon signaling pathway، Renin secretion وAGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications غنی میشوند. آنالیز عملکرد مولکولی این ژن­ها نشان داد دو عملکرد مولکولی شامل gap junction channel activity و phosphatidylinositol phospholipase C activity بهطور معنی­دار غنی می­شوند. برخی lncRNAها در نمونه­های سالم و اسیدوزی بیان متفاوتی داشتند و کاهش pH بهعنوان محرکی برای فعالشدن برخی مسیرهای بیولوژیکی ترارسانی پیام عمل کرد. براساس نتایج حاصل، lncRNAهایی که تفاوت بیان معنی­دار در گروه کنترل و اسیدوز دارند با مسیرهای مرتبط با سوختوساز انرژی شکمبه و ترارسانی پیام همراه میباشند. از lncRNAها می­توان بهعنوان عامل پیشآگاهیدهنده اسیدوز و بیومارکر در اصلاح دام استفاده نمود.

الگوی بیان ژن, ایلومینیا, ترارسانی پیام, توالی یابی, LncRNA