مرضیه اتحادپور - مرکز آموزش عالی کشاورزی بردسیر - دانشگاه باهنر کرمان - کرمان

هدف: استینوباکتر بومانی باکتری مهمی در ایجاد عفونت­های بیمارستانی می­باشد که مقاومت چند دارویی دارد. چندین عامل در مقاوم شدن این باکتری­ها در برابر داروها نقش دارند که مهم­ترین آن­ها پروتئین­های OXA-۲۴ beta-lactamase، OXA-۲۳ beta-lactamase وOUTER MEMBRANE PROTEIN A (OMPA)  هستند. در همین راستا هدف از این مطالعه بررسی اثر مهارکنندگی ترکیبات گیاهی موجود در گیاهان دارویی شنگ، زوفا و مانگرو بر این پروتئین­های استینوباکتر در محیط in silico می­باشد. مواد و روش ها: در این پژوهش نخست ساختار ترکیبات گیاهی  و پروتئین­های مورد بررسی به ترتیب از پایگاه­های  PubChem  و PDB دریافت و سپس خصوصیات فیزیکوشیمیایی ترکیبات گیاهی و همین­طور پتانسیل جهش­زایی آن­ها به ترتیب توسط سرور Swiss ADME  و نرم­افزار Toxtree-v۲.۶.۱۳ پیش­بینی شدند. برای انجام داکینگ مولکولی و برهمکنش میان ترکیبات گیاهی و پروتئین­های مورد نظر از محیط­های ViewerLite، Chimera ۱.۱۴، Discovery Studio ، AutoDockTools-۱.۵.۶  و AutoDock Vina استفاده شد. در نهایت، نتایج با استفاده از سه برنامه AutoDockTools ،Visualizer DS و Ligplot مورد آنالیز قرار گرفت. نتایج: پتانسیل جهش­زایی و مهار سیتوکروم­ها نشان دادند ترکیبات مربوط به H. officinalis پتانسیل جهش­زایی و سمیت سلولی بالاتری نسبت به دو گیاه دیگر داشتند. علاوه بر این، نتایج نشان داد که ترکیبات گیاهی A. marina  جذب گوارشی بالاتری در مقایسه با سایر ترکیبات دارند. بررسی مقایسه­ای برهمکنش­ها نشان داد که ترکیبات گیاه H. officinalis و A. marina  برهمکنش­های قوی­تری را با پروتئین­های مورد بررسی انجام می­دهند. علاوه بر این مشخص شد قوی­ترین برهمکنش­های رخ داده بین ترکیبات گیاهی و پروتئین ۱BXWمی­باشد. از طرف دیگر مشخص شد ترکیبات گیاه T. graminifolius برهمکنش­های ضعیف­تری را با پروتئین­های مورد ارزیابی ایجاد می­کنند. نتیجه گیری: بر اساس نتایج به دست آمده از مطالعات داکینگ، در میان تمام ترکیبات مورد ارزیابی در هر سه پروتئین ۱BXW، ۳G۴P و۴K۰X ، بهترین نتایج داکینگ مربوط به ترکیبات cis-pinocamphone و۳,۵-difluorophenyl ester ۲,۶-difluorobenzoic acid به ترتیب از گیاهان زوفا و مانگرو است. در حقیقت این ترکیبات با منفی­ترین سطح انرژی اتصال (به ترتیب  Kcal/mol۹- و ۸/۸-) تمایل بیشتری برای اتصال به آمینواسیدهای کلیدی جایگاه فعال هر سه پروتئین مورد مطالعه دارد. بنابراین ترکیبات مذکور می­توانند به عنوان نامزدهای بسیار مناسبی برای بررسی آزمایشگاهی و in vivo فعالیت ضد A. baumannii محسوب شوند.

داکینگ ملکولی, بیوانفورماتیک, بتالاکتاماز, گیاهان دارویی