حمیده بازگیر - دانشگاه شهید باهنر بخش علوم دامی
علی اسماعیلی زاده کشکوئیه - دانشگاه شهید باهنر کرمان
زینب امیری - استادیار پژوهشی بخش تحقیقات علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان فارس، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، شیراز، ایران
مسعود اسدی فوزی - دانشیار بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران.

هدف:ارزیابی و حفاظت از مرغان بومی به عنوان ذخایر ژنتیکی ارزشمند ضروری است. مطالعه حاضر اولین پژوهش برای شناسایی واریانت های ژنتیکی در مرغ لاری با اطلاعات توالی یابی کل ژنوم است. مطالعه تنوع ژنتیکی مرغ لاری در سطح ژنوم، می توانند اطلاعات مفیدی را در جهت حفظ و اصلاح نژاد آن فراهم سازد. در این تحقیق تنوع ژنومی پنج قطعه مرغ از نژادلاری با استفاده از تکنیک توالی یابی کل ژنوم بررسی شد. مواد و روش ها:نمونه خون پنج قطعه مرغ بومی لاری از شهرهای شیراز و زابل گرفته شد. توالی یابی کل ژنوم به صورت رفت و برگشتی توسط شرکت ایلومینا ۲۵۰۰ Hiseq در کشور چین انجام شد. کیفیت داده ها توسط برنامهFastQC  بررسی شد ند. داده ها به وسیله الگوریتم MEM به کار برده شده در برنامه BWA با ژنوم مرجع (Gallus_gallus-۵.۰/galGal) همردیف شد ند. پردارش bam فایل ها در چندین مرحله انجام شد. PCR duplicates توسط برنامه Picard حذف شدند. درصد همردیفی با ژنوم مرجع و کاوریج یا عمق پوشش با استفاده از دستورات flagstat و depth به کار برده شده در نرم افزار samtools  محاسبه شد ند. چندریختی های تک نوکلئوتیدی (SNPs) و حذف و اضافه های کوچک ژنوم با برنامه GATK شناسایی شد ند. مستند سازی چند ریختی های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه های کوچک ژنوم با برنامه SnpEff انجام شد. تنوع ژنتیکی ژنوم پنج مرغ با برنامه VCFtools محاسبه شد. نتایج:میانگین درصد همردیفی توالی های کوتاه با ژنوم مرجع ۸۵/ ۹۹ درصد بود و میانگین عمق پوشش ۶۵/۷ X بود. در این پژوهش ۹۸۵۱۷۳۱ چند ریختی تک نوکلئوتیدی و ۱۰۲۴۱۳۹ حذف و اضافه کوچک بدست آمد که بیشترین مقدار آن در نواحی اینترون و بین ژنی مشاهده شد. میانگین درصد هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار برای جایگاه های چند ریختی های تک نوکلئوتیدی شناسایی شده  برای ژنوم پنج مرغ به ترتیب ۳۰/۰ و ۳۵/۰ بود. نتیجه گیری:نتایج مستند سازی  نشان داد که درصد چندریختی های تک نوکلئوتیدی خاموش (۳۸/%۷۴)  بیشتر از درصد چندریختی های تک نوکلئوتیدی غیر­مترادف (بد معنی و بی معنی، ۶۲/۲۵%) در ژنوم مرغ است. کمتر بودن تنوع ژنتیکی مشاهده شده از تنوع ژنتیکی مورد انتظار، به وجود نیرو هایی مثل همخونی در جمعیت مرغ لاری می توان اشاره کرد. اطلاعات بدست آمده از این پژوهش، می تواند برای برنامه های حفاظت و اصلاح نژادی و نیز بررسی ساختار جمعیتی سودمند واقع شوند.

توالی یابی کل ژنوم, چند ریختی های تک نوکلئوتیدی, حذف و اضافه های کوچک, مرغ لاری