شناخت آب از نظر کیفیت و کمیت و چگونگی حصول آن، قدمی اساسی در جهت بهینه سازی مصرف آن می باشد بنابراین برنامه ریزی و هزینه در جهت تامین آب سالم سرمایه گذاری قابل توجهی برای آینده خواهد بود. تهیه و تامین آب آشامیدنی سالم برای جامعه یکی از موثرترین و پایدارترین فن آوری ها برای ارتقاء سلامت جامعه است. طبق گزارش سازمان بازرسی کل کشور از وضعیت منابع آب شرب دارای آلودگی هایی می باشد که آلودگی های آب را به سه بخش فیزیکی، شیمیایی و بیولوژیکی تقسیم می کنند. آلودگی فیزیکی مثل طعم، بو، مزه، دما، مواد
معلق، رنگ آب و... عوامل شیمیایی مثل انواع آنیون ها و کاتیون هایی که در آب وجود دارد. عوامل بیولوژیکی مثل انواع عوامل بیماری زایی که در آب ممکن است وجود داشته باشد.
مطالعات بسیاری در مورد تاکسونومی، اکولوژی، فلوریستیک و سایر جنبه های مطالعاتی سیانو باکتر ها انجام پذیرفته است. ترکیب تاکسونومیک این موجودات نشانگر وضعیت اکولوژیک اکوسیستم های آب شیرین، کیفیت آب، تغییرات اکولوژیک در متغیرهای محیطی اکوسیستم های آبی و وضعیت تغذیه ای یا تروفیسم اکوسیستم می باشد. این موجودات به دلیل حساسیت نسبت به صفات فیزیکی و شیمیایی آب، نقش مهمی در تعیین کیفیت و آلودگی آبها دارند. به نحوی که ساختار جوامع ، ترکیب گونه ای و پاسخ توالی این جوامع نسبت به تغییرات عوامل محیطی در طبقه بندی اکوسیستم های آبی مفید است. لیکن چشم انداز ذخائر آبهای ایران به گونه ایست که ارزیابی اکولوژیکی بعضی از میکرو آلاینده ها جهت ارتقاء بهبود کیفیت آب با تکنولوژی روز تلاشی جهت کنترل بیماری های ناشی از آب و نیز آلودگی آب خواهد بود.