بحران آب در استان گلستان یک مسئله اجتناب ناپذیر می باشد. رودخانه گرگانرود از جمله منابع مهم آب برای مقاصد مختلف مصرف آب در استان می باشد. با عنایت به کنترل آبهای سطحی و ممانعت از هدر رفت آنها، احداث سدهای مخزنی یکی از شاخص ترین برنامه های وزارت نیرو در استان بوده است که احداث این سدها به نوبه خود، کاهش دبی رودخانه ها در بازه های پایین دست سدها را به دنبال داشته است که در نتیجه پتانسیل پالایش زیست محیطی رودخانه گرگانرود را به مقدار چشمگیری کاهش داده و در محل اتصال رودخانه به دریا، به بحرانی ترین حد خود می رسد. بدین ترتیب کاهش جریان آب شیرین ورودی از یک طرف و نفوذ آب دریا از طرف دیگر موجب افزایش شوری آب در رودخانه ها می شود. در مطالعه حاضر روند نوسانات کیفی ایستگاههای آق قلا و بصیرآباد در طول دوره آماری و همچنین در دوره پس از ساخت همه سدهای بالادست (از سال ۱۳۸۷) بررسی شد. با استفاده از روشهای موجود، آنالیز کیفی
انجام شد و از روش ویلکوکس و استاندارهای موجود، حد مطلوب مصارف کشاورزی ودام در ماه های مختلف انتخاب گردید. در نهایت نتایج حاکی از نامناسب بودن کیفیت آب منطقه و محدودیت های استفاده از آن می باشد. نمودارهای مربوط به اثر تراز سطح آب دریا بر کیفیت آب رودخانه گرگان رود در ایستگاه های تحت تاثیر دریا ارائه شده است. سپس در پایان امکان رهاسازی جریان از ایستگاه سد گرگان جهت بهبود شرایط کیفی رودخانه در پایین دست و میزان رهاسازی جریان برای بهبود شرایط کیفی بررسی شده است.