الهه احمدی - دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی جنگل، گروه جنگلشناسی و اکولوژی جنگل دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان.
داود آزادفر - نویسنده مسئول: دانشیار، گروه جنگلشناسی و اکولوژی جنگل دانشکده علوم جنگل دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان، ایران
مژگان کوثری - کرج پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران
غلامرضا صالحی جوزانی - استاد، گروه بیوتکنولوژی میکروبی پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (ABRII)، کرج، ایران
مسعود توحیدفر - دانشیار، دانشکده علوم و زیست فنآوری، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران.

هدف: در طی یک دهه گذشته حدود ۳۰-۲۰ درصد جنگلهای زاگرس با معضلی به نام زوال بلوط مواجه شده­اند. تحقیق حاضر با هدف بررسی تنوع باکتریایی مناطق جنگلی سالم و زوال یافته از طریق مقایسه نتایج دو روش مبتنی بر کشت و مستقل از کشت طراحی و انجام شد. مواد و روش ها: از بافت­های مختلف درختان بلوط و خاک اطراف آنها در جنگل­های مناطق مختلف استان ایلام نمونه برداری انجام شد. در روش مبتنی بر کشت با استفاده از روش­های میکروبیولوژی و مولکولی، باکتری­های موجود در نمونه­ها جداسازی و شناسایی تا سطح جنس و گونه شناسایی شدند. به منظور مطالعه متاژنومیکس در روش مستقل از کشت، DNA میکروبی به طور مستقیم از نمونه­ها استخراج و با آماده سازی کتابخانه متاژنومی با استفاده از آغازگرهای عمومی و نشانگر، تنوع باکتریایی با استفاده از پلتفرم Miseq کمپانی Illumina مورد بررسی قرار گرفت و در ادامه نتایج دو روش مورد مقایسه قرار گرفت. نتایج: بر اساس روش مبتنی بر کشت، تنها ۳ فیلوم شناسایی شد، در صورتیکه در روش متاژنومیکسی، تعداد ۹۴۱۶ OTU بدست آمد که به ۱۲ فیلوم تقسیم بندی شدند. در هر دو روش ۳ خانواده Bacillaceae، Enterobacteriacea و Xanthomonadaceae به عنوان خانواده­های غالب مشاهده شدند. تنوع گونه­ایی در یک نمونه (تنوع آلفا) در نمونه رایزوسفر و در مناطق ایوان و گله جار نسبت به سایر نمونه­ها بیشتر بود که در روش مبتنی بر کشت نیز این دو منطقه از تنوع گونه­ای بیشتر برخوردار بودند. تنوع گونه­ایی در بین نمونه­ها (تنوع بتا) در مناطق ایوان، گله­جار، چوار، تنگ­دالاب و ارغوان از نظر ترکیب گونه­ای مشابه بودند. اما جامعه باکتریایی ساقه و برگ نسبت به سایر نمونه­ها شباهت بیشتری داشتند و بالک و رایزوسفر هم از نظر ترکیب گونه­ای شباهت بیشتری با یکدیگر داشتند. نتیجه گیری: در روش متاژنومیکس جنس­های با تنوع خیلی کم هم شناسایی می­شود در صورتیکه در روش مبتنی بر کشت احتمال این موضوع ضعیف است. ضمنا در روش مستقل از کشت می­توان تنوع آلفا و بتا را به شکل جامع­تری بررسی کرد. در روش مبتنی بر کشت می­توان جمعیت باکتریایی را تا سطح گونه شناسایی کرد در صورتیکه در روش مستقل از کشت معمولا تا سطح جنس شناسایی می­شود. لذا پیشنهاد می­شود در مطالعات بررسی جوامع میکروبی ترکیب دو روش مبتنی و مستقل از کشت همزمان استفاده شود.

باکتریوم, تنوع زیستی, زوال بلوط, فیلوژنی, متاژنوم