مطالعه برهم کنش پروتئین سرم آلبومین انسانی با داروی ضدسرطان فلورواوراسیل با استفاده از روش محاسباتی داکینگ مولکولی
عنوان مقاله: مطالعه برهم کنش پروتئین سرم آلبومین انسانی با داروی ضدسرطان فلورواوراسیل با استفاده از روش محاسباتی داکینگ مولکولی
شناسه ملی مقاله: JR_SHIMU-30-2_004
منتشر شده در در سال 1401
شناسه ملی مقاله: JR_SHIMU-30-2_004
منتشر شده در در سال 1401
مشخصات نویسندگان مقاله:
محمد مطهری نیا - Dept of Chemistry, Takestan Branch, Islamic Azad University, Takestan, Iran
مهدیه صادق پور - Dept of Chemistry, Takestan Branch, Islamic Azad University, Takestan, Iran
منیر شالبافان - Dept of chemistry, Imam Khomeini International University, Qazvin, Iran
خلاصه مقاله:
محمد مطهری نیا - Dept of Chemistry, Takestan Branch, Islamic Azad University, Takestan, Iran
مهدیه صادق پور - Dept of Chemistry, Takestan Branch, Islamic Azad University, Takestan, Iran
منیر شالبافان - Dept of chemistry, Imam Khomeini International University, Qazvin, Iran
مقدمه: داروها عمدتا توسط پروتئینهای پلاسما ازجمله آلبومین سرم انسانی در بدن انسان به بافتهای هدف منتقل میشوند. با استفاده از روشهای شبیهسازی مانند داکینگ مولکولی میتوان اطلاعات کاربردی درباره مولفههای ترمودینامیکی داروها و پایداری آنها بهدست آورد.
مواد و روش ها: در این پژوهش، بررسیهای داکینگ مولکولی آلبومین سرم انسانی با داروی ضدسرطان فلورواوراسیل انجام شد. بار جزئی روی اتمهای پروتئین آلبومین سرم و اتمهای داروی فلورواوراسیل محاسبه گردید. جستجوی بهترین پیکربندی نیز با استفاده از Lamarckian genetic algorithm صورت پذیرفت. ابعاد grid maps در حدود ۴۰*۴۰*۴۰ انگستروم با فاصله ۳۷۵/۰ انگستروم انتخاب شد. تعداد genetic algorithm و تعداد بررسیها به ترتیب در حدود ۱۰۰ و ۵/۲ میلیون تنطیم گردید. در پایان بهترین پیکربندی برهمکنش انجامشده با کمترین مقدار انرژی آزاد انتخاب شد. بهمنظور مشاهده داکینگ انجامشده از نرمافزارهای گرافیکی Ligplot و VMD استفاده گردید.
یافته ها: در بهترین نمونه، فلورواوراسیل قادر است با پروتئین آلبومین سرم انسانی HSA چهار پیوند هیدروژنی از طریق اتمهای نیتروژن و اکسیژن با دو آمینواسید تیروزین، یک آمینواسید هیستیدین و یک آمینواسید آرژنین ارتباط برقرار میکند. برآورد انرژی های آزاد اتصال (kcal/ mol) برای بهترین نمونه برابر با ۱/۵- است. مقادیر منفی انرژی آزاد گیبس (ΔG°) نشان دهنده یک فرایند خودبهخودی است و مقدار ثابت اتصال (Ka ≈ ۱۰۹ L • mol-۱) بیانگر توزیع زیستی مطلوب دارو با پلاسمای خون است.
بحث و نتیجه گیری: بررسی داکینگ مدلهای پیشنهادی نشان میدهد که فلورواوراسیل دارای حلقهای آلیفاتیک است و دارای بخشهای هیدروفوب است و به همین علت، توانایی بالایی در تشکیل برهمکنشهای هیدروفوب با آمینواسیدهای اصلی در جایگاه فعال پروتئین سرم آلبومین دارد.
کلمات کلیدی: Anti-cancer drug, Binding constant, Fluorouracil, Gibbs free energy, Human serum albumin, آلبومین سرم انسانی, داکینگ مولکولی, داروی ضدسرطان, فلورواوراسیل, ثابت اتصال, انرژی آزاد اتصال
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1458752/