بهزاد دمیرچی - دانشجوی کارشناسی ارشد، دانشکده مهندسی مکانیک، دانشگاه صنعتی شریف
میلاد ریسمانیان - دانشجوی کارشناسی ارشد، دانشکده مهندسی مکانیک، دانشگاه صنعتی شریف
محمدسعید سعیدی - هیات علمی، دانشکده مهندسی مکانیک، دانشگاه صنعتی شریف

در کار حاضر با استفاده از تکنیک دینامیک مولکولی به روش دانه درشت به مدل سازی یک سیستم لیپوپروتئینی و شبیه سازی تعامل آن با محلول آب و نمک پرداخته شده است که ترکیبی شبیه به ترکیب خون را دارا می باشد. در این پژوهش، یک مولکول لیپوپروتئین چگالی بالا که متشکل از دو حلقه ی منومری است و ساختار دو لایه لیپیدی که در وسط آن قرار دارد، مدل سازی شده اند. ابتدا مدل تمام اتمی سیستم ساخته شده است و سپس با استفاده از نگاشت مارتینی ، مدل دانه درشت سیستم تهیه شده است. تهیه مدل با استفاده از نرم افزار VMD و حل شبیه سازی آن توسط کد NAMD که توسط دانشگاه ایلینویز نوشته شده، صورت گرفته است. کل زمان شبیه سازی به مدت ۲۰nsدر ۱۰۰۰۰۰۰گام زمانی و با اندازه گام زمانی ۲۰ fs انجام شده است. دمای سیستم مورد نظر هم دما با بدن دمای انسان در نظر گرفته شده است . در انتها شکل و پایداری سیستم و کارایی روش در مدل سازی مولکول های زیستی نظیر لیپوپروتئین حاضر به عنوان نتایج شبیه سازی ، که در انسامبل NPT صورت گرفته، مورد بحث و بررسی قرار گرفته شده است.

دینامیک مولکولی، روش دانه درشت، مدل سازی لیپوپروتئین