حسین محمدی - نویسنده مسئول، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران. رایانامه: H-mohammadi۶۴@araku.ac.ir
امیر حسین خلت آبادی فراهانی - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران.
محمد حسین مرادی - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران.
محمد شمس الهی - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ایلام، ایلام، ایران.

در این پژوهش، میزان همخونی ژنومی و اندازه موثر جمعیت در ۸۷۹ راس بز نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دین­پناه و پوس­وری با استفاده از یک پنل K۵۰ که بعد از کنترل کیفیت ۳۶۸۶۱ نشانگر  SNPو ۸۲۷ راس بز بود، بررسی شد. ضریب همخونی با چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامت­ها (FUNI)، با نرم­افزار GCTA (نسخه۱/۰) و قطعات هموزیگوت ژنومی (FROH) با PLINK (نسخه ۱/۹) محاسبه شد. اندازه موثر جمعیت (Ne) از اطلاعات عدم تعادل پیوستگی با نرم­افزار SNeP (نسخه ۱/۱) محاسبه شد. کم ترین ضریب همخونی محاسبه شده با سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مربوط به نژاد بیتال و بیش ترین مربوط به نژاد بربری بود. بیش ترین میزان FROH (۰/۱۵۹) در نژاد بربری و کم ترین مقدار آن (۰/۰۲۸) در نژاد پوس­وری برآورد شد. میانگین طول قطعات ROH بین ۷۰/۲ تا ۳۹۱/۴ مگاباز و متوسط تعداد قطعات ROH بین ۸/۱۹ تا ۴۸/۶۵ متغیر بود. هم چنین بیش ترین و کم ترین تعداد ROH به ترتیب روی کروموزوم­های دو و ۲۹ مشاهده شدند. اندازه Ne در نسل­های حاضر (نسل پنج) نژادهای موردبررسی در دامنه ۳۶۵-۳۵ راس بود. بیش ترین Ne در نژاد بیتال (۳۶۵ راس) و کم ترین در نژاد بربری (۳۵ راس) برآورد شد. میانگین ضریب همخونی در نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دین­پناه و پوس وری به ترتیب ۰/۰۳۵، ۰/۰۸۱، ۰/۰۳۱، ۰/۰۵۲، ۰/۱۵، ۰/۱۱ و ۰/۰۲ به­دست آمد. هم چنین Ne اکثر جمعیت­های موردمطالعه کاهش یافت. بنابراین، اقتصادی نمودن تولید و طراحی برنامه­های مناسب جفت گیری برای کنترل همخونی و حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژادها ضروری  است.

ارزیابی ژنومی, بز, تنوع ژنتیکی, قطعات هموزیگوت ژنومی, نشانگرهای تک نوکلئوتیدی