کیوان آصف پور وکلیلیان - دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه اگروتکنولوژی، دانشگاه تهران
عبدالرضا صالحی - عضو هیئ علمی دانشگاه تهران
حامد ابراهیم زاده - دانشجوی کارنشاسی ارشد اصلاح گیاهان باغبانی، دانشگاه تهران

امروزه ساختار دوم توالی مولکولهای RNA برای بسیاری از موجودات ساده شناسائی شده است. تعیین این ساختار در مسائل بیوانفورماتیک، علاوه بر تفسیر عملکرد و واکنش پذیری RNA، در تحلیل ساختار سوم مولکول RNA نیز کاربرد دارد. در این مقاله، یک برنامه با استفاده از نرم افزار رایانه ای MATLAB برای پیش بینی و نمایش دو بعدی ساختار دوم توالی RNA با کمترین انرژی آزاد به وسیله مدل ترمودینامیکی نزدیکترین همسایه (INN) طراحی شد. توالی t RNA مربوط به یک یوکاریوت از پایگاه داده بیوانفورماتیک استخراج شد و به عنوان ورودی برنامه مورد استفاده قرار گرفت. مدلهای ساختار دوم با حداقل انرژی آزاد در سه شکل نمودار برگی، نمودار با چهار انشعاب مجزا در محور مختصات و نمودار با استفاده از مدل برآمدگی و تو رفتگی به دست آمدند. از این نمودارها می توان در تلیل رایانه ای مسائل بیوانفورماتیک که به روش تفکیک داده های ژنتیکی به دو قسمت بالا و پائین آستان عمل می کنند، استفاده کرد.

انرژی آزاد، بیوانفورماتیک، ساختار دوم RNA، مدل ترمودینامیکی، نرم افزار MATLAB