مقایسه روش های مختلف لایه بندی جمعیتی گاوهای سرابی و نجدی با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم
عنوان مقاله: مقایسه روش های مختلف لایه بندی جمعیتی گاوهای سرابی و نجدی با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-11-1_002
منتشر شده در شماره 1 دوره 11 فصل در سال 1398
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-11-1_002
منتشر شده در شماره 1 دوره 11 فصل در سال 1398
مشخصات نویسندگان مقاله:
احد خصالی اقطاعی - دانشگاه زابل، دانشکده کشاورزی، زابل -ایران
مهدی وفای واله - استاد دانشکده کشاورزی دانشگاه زابل
غلامرضا داشاب - گروه علوم دامی ، دانشکده کشاورزیف دانشگاه زابل، زابل، ایران
حسین مرادی شهربابک - هیئت علمی گروه اصلاح دام دانشگاه تهران
خلاصه مقاله:
احد خصالی اقطاعی - دانشگاه زابل، دانشکده کشاورزی، زابل -ایران
مهدی وفای واله - استاد دانشکده کشاورزی دانشگاه زابل
غلامرضا داشاب - گروه علوم دامی ، دانشکده کشاورزیف دانشگاه زابل، زابل، ایران
حسین مرادی شهربابک - هیئت علمی گروه اصلاح دام دانشگاه تهران
هدف: تاکنون از روشهای مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود درکل ژنوم (چند شکلیهای تکنوکلئوتیدی (SNP)) استفاده شده است که هر کدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در پژوهش حاضر از خوشهبندی شبکهای بدون نظارت یا SPC که روشی مبتنی بر دادهکاوی است، برای بررسی ساختار جمعیت گاوهای سرابی و نجدی استفاده شد. مواد و روشها: جمعیت مورد مطالعه 424 راس گاو شامل 213 راس گاو نجدی و 211 راس گاو سرابی بود که باChip 40 K v 2 Illumina Bead برای نشانگرهای تکنوکلئوتیدی تعیین توالی شدند. برای تجزیه ساختار جمعیت از بستهی نرمافزاری (SPIN) SORTING POINTS INTO NEIGHBORHOOD استفاده شد. بعد از ویرایش دادهها، 27859 نشانگر اتوزومی تجزیه و تحلیل شدند. نتایج: خوشهبندی بر اساس شباهتها و تفاوتهای نوکلئوتیدها، منجر به طبقهبندی دو جمعیت پایه و نه زیر جمعیت شد. نتیجهگیری: در مقایسه با سایر روشهای موجود برای لایهبندی جمعیت، در حال حاضر روش SPIN با توجه به عدم نیاز به فرضهای پیشین، کارایی مناسبی جهت تجزیه و تحلیل ساختار جوامع دارد.
کلمات کلیدی: چندشکلی های تک نوکلئوتیدی, خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت, داده کاوی, ساختارجمعیتی
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/864817/