CIVILICA We Respect the Science
(ناشر تخصصی کنفرانسهای کشور / شماره مجوز انتشارات از وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی: ۸۹۷۱)

کاربرد الگوریتم uMelt SM در آنالیز منحنی ذوب Real-time PCR

عنوان مقاله: کاربرد الگوریتم uMelt SM در آنالیز منحنی ذوب Real-time PCR
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-10-2_003
منتشر شده در شماره 2 دوره 10 فصل در سال 1397
مشخصات نویسندگان مقاله:

اناهیتا خارابی ماسوله - دانش آموخته کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه علوم گیاهی و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران.
عباس سعیدی - هیئت علمی موسسه ملی گیاهان زینتی (NIOP)، تحقیقات باغبانی علوم، تحقیقات کشاورزی، آموزش و توسعه، محلات، ایران.

خلاصه مقاله:
یکی از چالش­های موجود در تفسیر نتایج qPCR ، اطمینان از اختصاصی بودن قطعات تکثیر شده است که برای بررسی آن از آنالیز منحنی ذوب استفاده می­شود. پیک­های اضافی در منحنی ذوب همیشه نشان دهنده یک مشکل نیست، به همین منظور در این مقاله یک ابزار مبتنی بر وب به نام uMelt SM به عنوان راهکاری کاربردی و ساده برای آنالیز صحیح منحنی ذوب به محققین پیشنهاد می­گردد که امکان پیش­بینی منحنی ذوب DNA و پروفیل­های واسرشته سازی را با وضوح بالای فلورسنت از محصولات PCR فراهم می­کند. نتایج این مطالعه نشان داد که منحنی­های ذوب براساس چه پارامترهایی تولید شده و الگوریتم مناسب برای نحوه کار با این نرم افزار ارائه گردید. در نهایت ژن­های اکتین و سوپراکسید دیسموتاز از قارچ  Pyricularia oryzae به عنوان الگوی مناسب برای تعیین منحنی پیش­بینی شده با استفاده از این نرم­افزار ارائه گردید و منحنی Real-time PCR نیز ترسیم شد. براساس نتایج منحنی ذوب با استفاده از نرم افزار uMelt SM در مقایسه با منحنی ذوب دستگاه Real-Time PCR تطابق بالایی را نشان می­دهد که این نتایج تاییدی بر مزیت­هایی همچون سهولت استفاده، صرفه­جویی در زمان، هزینه و تلاش در بخش تجربی با استفاده از این نرم­افزار می­باشد.

کلمات کلیدی:
qPCR, منحنی ذوب, آزمایش, پیش بینی, uMelt SM

صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/864826/