ارزیابی توالی رونوشت گیاه دارویی زیره سبز (Cuminum cyminum) با استفاده از RNA-Seq
عنوان مقاله: ارزیابی توالی رونوشت گیاه دارویی زیره سبز (Cuminum cyminum) با استفاده از RNA-Seq
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-9-4_007
منتشر شده در شماره 4 دوره 9 فصل در سال 1397
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-9-4_007
منتشر شده در شماره 4 دوره 9 فصل در سال 1397
مشخصات نویسندگان مقاله:
داریوش صادقی - دانشجوی کارشناسی ارشد اصلاح نباتات، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران، تهران، ایران.
سید محمدمهدی مرتضویان - دانشیار گروه علوم زراعی و اصلاح نباتات، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران، تهران، ایران.
محمدرضا بختیاری زاده - استادیار گروه علوم دام و طیور، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران، تهران، ایران.
خلاصه مقاله:
داریوش صادقی - دانشجوی کارشناسی ارشد اصلاح نباتات، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران، تهران، ایران.
سید محمدمهدی مرتضویان - دانشیار گروه علوم زراعی و اصلاح نباتات، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران، تهران، ایران.
محمدرضا بختیاری زاده - استادیار گروه علوم دام و طیور، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران، تهران، ایران.
زیره سبز (Cuminum cyminum L.) گیاهی گلدار از خانواده چتریان (Apiaceae) است که بومی مناطق شرق مدیترانه تا هند میباشد. بهرغم اهمیت دارویی فراوان زیره سبز، اطلاعات بسیار اندکی از ژنوم و مکانیسمهای بیوشیمیایی ترکیبات موجود در این گیاه وجود دارد. در مطالعه حاضر جهت ارزیابی توالی رونوشت زیره سبز، از اندام گل (به دلیل تجمع بالای ترکیبات آلدئیدی و محل اصلی بیوسنتز آن)، جهت استخراج RNA از چهار نمونه و انجام آنالیزهای RNA-Seq استفاده شد. در نهایت، بیش از 153 میلیون خوانش به طول 50 باز از توالییابی این نمونهها حاصل شد. سرهمبندی خوانشها به منظور ایجاد رونوشتهای بیان شده توسط نرمافزار Trinity (نسخه 3 . 1 . 1) و با مقادیر kmer 25 و 32 انجام شد. بهترین سرهمبندی بر اساس کامل بودن توالی رونوشتها با استفاده از نرمافزار BUSCO (نسخه 3) شناسایی شد. بعد از سرهمبندی خوانشها 50973 توالی ژن (کانتیگ) با میانگین طول 725 باز و مقدار N50 برابر با 1136 باز به دست آمد. همچنین از این تعداد ژن، 53103 رونوشت شناسایی شد. از این تعداد، 35860 رونوشت دارای حداقل یک همولوگ در بانک اطلاعاتی Nr بودند. بیش از 7/66 درصد رونوشتها حداقل دارای یک همولوگ در بانک اطلاعاتی GO (فرآیندهای بیولوژیک، عملکردهای مولکولی و اجزاء سلولی) بودند. بیشتر ژن های شناسایی شده مرتبط با تنظیم رونویسی و فعالیت های غشایی بودند. در مطالعه حاضر نخستین پروفایل توالی رونوشت در گیاه زیره گزارش شد که میتواند در مطالعات بعدی به منظور شناسایی ژنهای دخیل در مسیر بیوسنتزی ترکیبات ثانویه مختلف و دیگر مطالعات ژنتیکی در این گیاه مورد استفاده قرار گیرد.
کلمات کلیدی: رونوشت ژن, زیره سبز, گیاه دارویی, نسل دوم توالی یابی
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/864858/