تکثیر ژن فیلیای گاوی غنی از GC به کمک بهینه سازی طراحی آغازگر
عنوان مقاله: تکثیر ژن فیلیای گاوی غنی از GC به کمک بهینه سازی طراحی آغازگر
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-7-3_008
منتشر شده در شماره 3 دوره 7 فصل در سال 1394
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-7-3_008
منتشر شده در شماره 3 دوره 7 فصل در سال 1394
مشخصات نویسندگان مقاله:
آزاده زحمتکش
سعید انصاری مهیاری
مرتضی دلیری جوپاری
حمید رضا رحمانی
خلاصه مقاله:
آزاده زحمتکش
سعید انصاری مهیاری
مرتضی دلیری جوپاری
حمید رضا رحمانی
فیلیا ژنی با اثرات مادری است و اختلال در کارکرد آن در موش منجر به کاهش باروری، و در انسان باعث سقط جنین میگردد. بررسی توالی رونوشت فیلیا در گاو در NCBI نشان میدهد که نسبت به اورتولوگ انسان و موش دارای درصد GC بالاتری است. این امر منجر به اختلال در تکثیر ژن در طی سیکل تکثیر PCR میگردد. مطالعهی حاضر بهمنظور بررسی امکان تکثیر بخشی از رونوشت فیلیای گاوی با درصد بالای GC با بهینه سازی در طراحی آغازگر به اجرا درآمد. آغازگرها برای دو قطعهی 443 و 230 جفت بازی از ژن مذکور طراحی شد بهصورتی که فقط برای قطعهی اول، دو شرط دمای ذوب بالا و اختلاف اندک دمای ذوب آغازگرها در نظر گرفته شد. بررسی بیوانفورماتیک از نظر وضعیت GC و ساختارهای ثانویهی احتمالی این قطعات صورت گرفت. استخراج RNA از تخمکهای جداشده از تخمدانهای گاوی انجام گرفت. پس از واکنش رونویسی معکوس، واکنش PCR با دماهای اتصال مختلف به صورت دو و سهمرحلهای صورت گرفت. نتایج نشان داد که قطعهی 443 جفت بازی دارای یک جزیرهی CpG و درصد GC بیشتر و قابلیت تشکیل ساختارهای ثانویهی پیچیدهتری نسبت به قطعهی 230 جفت بازی است. با این وجود تنها قطعهی 443 جفت بازی که دارای آغازگرهای با ویژگیهای موردنظر بود، با باند مشخصی تکثیر گردید. نتایج نشان داد اختلاف اندک دمای ذوب آغازگرها، بالا بودن دمای اتصال آنها و دومرحلهای شدن واکنش میتواند در تکثیر اختصاصی توالیهای غنی از GC موثر باشد.
کلمات کلیدی: ژن فیلیای گاو, درصد GC, جزیره ی CpG, ساختار ثانویه, دمای اتصال
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/864935/