بررسی الگوی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران

سمیه بارانی; محمد مرادی شهربابک; اردشیر نجاتی جوارمی; محمد حسین مرادی

بررسی الگوی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران

محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 48، شماره: 1

سال انتشار: 1396

نوع سند: مقاله ژورنالی

زبان: فارسی

مشاهده: 376

فایل این مقاله در 8 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

دریافت فایل کامل مقاله

صدور گواهی نمایه سازی
من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

https://civilica.com/doc/1015794

شناسه ملی سند علمی:

JR_IJAS-48-1_002

تاریخ نمایه سازی: 6 خرداد 1399

چکیده مقاله:

شناخت الگوی عدم تعادل پیوستگی در جمعیت های مختلف اطلاعات سودمندی برای بررسی های انتخاب ژنومیک (ژنومیک) (GS) و پویش ژنوم یا ژنوم (GWAS) و شناخت معماری ژنتیکی صفات از طریق بررسی فاز پایداری عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفت کمی فراهم می کند. هدف از این پژوهش بررسی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران (بلوچی، لری-بختیاری و زل) است. بدین منظور از 186 نمونه گوسفند (شامل 96 نمونه بلوچی، 45 نمونه لری بختیاری و 45 نمونه زل) خون گیری به عمل آمد و با استفاده از آرایه های Ovine 50K SNPChip شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ و آنگاه عدم تعادل پیوستگی در هر نژاد با استفاده از آماره r2 اندازه گیری شد. بنابر نتایج این بررسی، بیشترین میانگین LD در فاصله های کمتر از Kb10 در نژاد بلوچی، لری بختیاری و زل به ترتیب 323/0±392/0، 308/0±360/0 و 306/0±340/0 برآورد شد. بررسیLD در کروموزوم های اتوزوم هر نژاد، کروموزوم های 24 و 25 در نژاد بلوچی، 9 و 21 در نژاد لری بختیاری و 23 و 24 در نژاد زل بیشترین میانگین r2 را داشتند. بررسی همبستگی عدم تعادل پیوستگی بین نژادهای مختلف، بیشترین پایداری فاز LD را بین نژادهای زل و لری بختیاری نشان داد که احتمال دارد ناشی از وجود نیاکان مشترک بین این نژادها باشد. هر چه میزان LD بالاتر باشد تراکم نشانگری پایین تری در بررسی های ارتباطی مورد نیاز است. نتایج این بررسی مشخص کرد برای به دست آمدن صحت 85 درصدی (با فرض اینکه دیگر عامل های موثر بر صحت انتخاب ژنومیک برطرف شده باشد) در بررسی های انتخاب ژنومیک و GWAS به آرایه هایی با تراکم نشانگری بالاتر از 50K نیاز خواهد بود.

کلیدواژه ها:

انتخاب ژنومیک ، پویش ژنومیک ، لری- بختیاری ، زل ، بلوچی ، عدم تعادل پیوستگی

نویسندگان

سمیه بارانی

دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج

محمد مرادی شهربابک

استاد، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج

اردشیر نجاتی جوارمی

دانشیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج

محمد حسین مرادی

استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه اراک

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :

Alhaddad, H., Khan, R., Grahn, R. A., Gandolfi, B., Mullikin, ...
Al-Mamun, H. A., Clark, S., Kwan, P. & Gondro, C. ...
Ardlie, K. G., Kruglyak, L. & Seielstad, M. (2002). Patterns ...
Badke, Y. M., Bates, R. O., Ernst, C. W., Schwab, ...
Barrett, J. C., Fry, B., Maller, J. D. M. J. ...
BEAGLE 3.3.2 (2011). Department of Medicine Division of Medical Genetics ...
Biegelmeyer, P., Gulias-Gomes, C. C., Caetano, A. R., Steibel, J. ...
Bohmanova, J., Sargolzaei, M. & Schenkel, F. S. (2010). Characteristics ...
Brito, L. F., Jafarikia, M., Grossi, D. A., Kijas, J. ...
Corbin, L. J., Blott, S. C., Swinburne, J. E., Vaudin, ...
Fu, W., Dekkers, J. C., Lee, W. R. & Abasht, ...
Gabriel, S. B., Schaffner, S. F., Nguyen, H., Moore, J. ...
Gholizadeh, M., Rahimi-Mianji, G., Nejati-Javaremi, A., de Koning, D. J. ...
Gouveia, J. J. D. S., Silva, M. V. G. B. ...
Hayes, B. J. & Goddard, M. E. (2001). Prediction of ...
Jasielczuk, I., Gurgul, A., Szmatoła, T., Ząbek, T., Pawlina, K., ...
Karimi, K., Koshkoiyeh, A. E. & Gondro, C. (2015). Comparison ...
Khatkar, M. S., Nicholas, F. W., Collins, A. R., Zenger, ...
Lewontin, R. C. (1964). The interaction of selection and linkage. ...
Mokry, F. B., Buzanskas, M. E., de Alvarenga Mudadu, M., ...
Moradi, M. H., Nejati-Javaremi, A., Moradi-Shahrbabak, M., Dodds, K. G. ...
Nilsen, H., Hayes, B., Berg, P. R., Roseth, A., Sundsaasen, ...
Niu, H., Zhu, B., Guo, P., Zhang, W., Xue, J., ...
Pfahler, S. & Distl, O. (2015). Effective Population Size, Extended ...
Purcell, S., Neale, B., Todd-Brown, K., Thomas, L., Ferreira, M. ...
Qanbari, S., Hansen, M., Weigend, S., Preisinger, R. & Simianer, ...
Qanbari, S., Pimentel, E. C. G., Tetens, J., Thaller, G., ...
Shrestha, J. N. B. & Fahmy, M. H. (2005). Breeding ...
Skipper, L., Wilkes, K., Toft, M., Baker, M., Lincoln, S., ...
Wang, L., Sørensen, P., Janss, L., Ostersen, T. & Edwards, ...
Zygoyiannis, D. (2006). Sheep production in the world and in ...

نمایش کامل مراجع