بررسی الگوی بیانی خانواده فاکتورهای رونویسی شوک حرارتی (HSFs) در گیاه آلوروپوس لیتورالیس تحت تنش شوری

سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 527

فایل این مقاله در 11 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_ESCS-13-2_019

تاریخ نمایه سازی: 9 تیر 1399

چکیده مقاله:

فاکتورهای شوک حرارتی (Heat Shock Factors)، نقش مهمی در پاسخ به تنش های زیستی و غیرزیستی در یوکاریوت ها ایفا می نمایند. هدف از اجرای این تحقیق، شناسایی ژن های فاکتور رونویسی AlHSF در گیاه هالوفیت آلوروپوس لیتورالیس (Aeluropus littoralis) می باشد. بدین منظور شناسایی و تعیین مشخصه سازی ژن ها، ساختار ژنی، آنالیز موتیف های پروتئینی و روابط فیلوژنتیکی خانواده ژنی AlHSF مدنظر قرار گرفت. آنالیز الگوی بیان این ژن ها در دو بافت برگ و ریشه، تحت شرایط تنش شوری و شرایط ریکاوری، با استفاده از داده های RNA-seq صورت پذیرفت. بر اساس توالی های ژنومی A. littoralis، 11 ژن AlHSF غیرتکراری و منحصربفرد شناخته شدند. تمام 11 فاکتور رونویسی AlHSFs، بر اساس همولوژی با آرابیدوپسیس، به سه دسته (A، B و C) تقسیم شدند. بر اساس داده های RNA-seq، الگوی بیان ژن های AlHSF در بافت های برگ و ریشه تحت شرایط تنش شوری و ریکاوری، متفاوت بود. سطح بیان متفاوت این ژن ها، می تواند به عملکردهای مولکولی و مکانیسم های تنظیمی متفاوت در کنترل فعالیت این ژن ها مرتبط باشد. یافته های این تحقیق، ضمن ارائه خصوصیات عملکردی ژن های AlHSF، پایه ای برای تحقیقات کاربردی آینده در مورد نقش بیولوژیکی آن ها در تحمل گیاه آلوروپوس لیتورالیس به تنش های زیستی و غیرزیستی، فراهم می نماید.

کلیدواژه ها:

آنالیز ترانسکریپتومیکس ، آنالیز موتیف های پروتئینی ، پروتئین های شوک حرارتی ، ساختار ژنی

نویسندگان

سیدحمیدرضا هاشمی

استادیار گروه مهندسی ژنتیک و بیولوژی، پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

قربانعلی نعمت زاده

استاد گروه مهندسی ژنتیک و بیولوژی، پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

سمیرا محمدی

دانشجوی دکتری اصلاح نباتات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

مارکوس کولمن

گروه ژنتیک مولکولی، موسسه ژنتیک گیاهی و تحقیقات گیاهان زراعی لیبنیز (IPK)، آلمان

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Bechtold, U., Albihlal, W.S., Lawson, T., Fryer, M.J., Sparrow, P.A., ...
  • Chauhan, H., Khurana, N., Agarwal, P., Khurana, P., 2011. Heat ...
  • Crooks, G.E., Hon, G., Chandonia, J.-M., Brenner, S.E., 2004. WebLogo: ...
  • Damberger, F.F., Pelton, J.G., Harrison, C.J., Nelson, H.C., Wemmer, D.E., ...
  • De Castro, E., Sigrist, C.J., Gattiker, A., Bulliard, V., Langendijk-Genevaux, ...
  • Döring, P., Treuter, E., Kistner, C., Lyck, R., Chen, A., ...
  • Dossa, K., Diouf, D., Cissé, N., 2016. Genome-wide investigation of ...
  • Faraji, S., Najafi-Zarrini, H., Hashemi-Petroudi, S., Ranjbar, G., 2017a. AlGLY ...
  • Comparative expression profiling of four salt-inducible genes from Aeluropus littoralis [مقاله ژورنالی]
  • Finn, R.D., Coggill, P., Eberhardt, R.Y., Eddy, S.R., Mistry, J., ...
  • Guo, J., Wu, J., Ji, Q., Wang, C., Luo, L., ...
  • Hall, T.A., 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor ...
  • Hasegawa, P.M., Bressan, R.A., Zhu, J.-K., Bohnert, H.J., 2000. Plant ...
  • Hashemi, S.H., Nematzadeh, G., Ahmadian, G., Yamchi, A., Kuhlmann, M., ...
  • Huang, Y., Li, M.-Y., Wang, F., Xu, Z.-S., Huang, W., ...
  • Hwang, S.M., Kim, D.W., Woo, M.S., Jeong, H.S., Son, Y.S., ...
  • Ikeda, M., Mitsuda, N., Ohme-Takagi, M., 2011. Arabidopsis HsfB1 and ...
  • Jones, P., Binns, D., Chang, H.-Y., Fraser, M., Li, W., ...
  • Krystkowiak, I., Manguy, J., Davey, N.E., 2018. PSSMSearch: a server ...
  • Li, H.-Y., Chang, C.-S., Lu, L.-S., Liu, C.-A., Chan, M.-T., ...
  • Li, M., Liu, Y., 1994. Halophytes of yellow river delta ...
  • Liao, Y., Liu, S., Jiang, Y., Hu, C., Zhang, X., ...
  • Liu, Y., Zhang, C., Chen, J., Guo, L., Li, X., ...
  • Mihara, M., Itoh, T., Izawa, T., 2009. SALAD database: a ...
  • Mishra, S.K., Tripp, J., Winkelhaus, S., Tschiersch, B., Theres, K., ...
  • Nover, L., Bharti, K., Döring, P., Mishra, S.K., Ganguli, A., ...
  • Scharf, K.-D., Berberich, T., Ebersberger, I., Nover, L., 2012. The ...
  • Scharf, K.-D., Heider, H., Höhfeld, I., Lyck, R., Schmidt, E., ...
  • Schöffl, F., Prändl, R., Reindl, A., 1998. Regulation of the ...
  • Schramm, F., Larkindale, J., Kiehlmann, E., Ganguli, A., Englich, G., ...
  • Shim, D., Hwang, J.-U., Lee, J., Lee, S., Choi, Y., ...
  • Singh, R.K., Jaishankar, J., Muthamilarasan, M., Shweta, S., Dangi, A., ...
  • Swindell, W.R., Huebner, M., Weber, A.P., 2007. Transcriptional profiling of ...
  • Wang, R., 2004. Plant functional types and their ecological responses ...
  • Yokotani, N., Ichikawa, T., Kondou, Y., Matsui, M., Hirochika, H., ...
  • Zhang, J., Li, J., Liu, B., Zhang, L., Chen, J., ...
  • نمایش کامل مراجع