مطالعه تغییرات پایداری ساختار سم دیفتری در (PH 4-11) با استفاده از روش شیبه سازی دینامیک مولکولی

تغییر کنفورماسیون یبهعنوان یک تغییردرساختارسه بعدی یک ماکرو مولکول درپاسخ به تغییرات زیست محیطی بطور گسترده تعریف شده است. این مطالعه به منظورایجادارتباطبین pH متغیروجنبه ساختاری وعملکردی ازسمدیفتری (DT) انجام شد . شبیه سازی دینامیک مولکولی در سطوح مختلف pH (4و6.5و 10) شامل ساختار DT در آب و در غلظت نمک 0.25 M وزمان شبیه سازی 100 ns انجام گرفت. نتایج تغییر در نوسانات کلیدی در سطوح مختلف pH را نشان داد. نوسانات در هر دو قسمت A, B از توکسین در pH4 نسبت به سایر ساختار ها(pH6.5 and PH10) بیشتر بود. نوسانات در pH 4قسمت A از DT شامل استخلافات شماره Ser9 ,Pro25, Tyr46, Leu73, Arg173, Ala187بود. شعاع ژیراسیون ساختار توکسین در pH4در مقایسه باpH6.5 , pH10کاهش داشت. نتایج، تغییرات کنفورماسیونی را درpH4در مقایسه باpH6.5 , pH10 نشان داد. ما گزارش کردیم که ساختار توکسین در شرایط pH اسیدی به جهت احیا شدن باند دی سولفیدی بین قسمت A ,B غیر فعال شد. این نتایج نشان داد که در pH اسیدی شرایط مناسبی برای غیر فعالسازی توکسین دیفتری با حفظ فعالیت ایمنولوژیکی است.