تخمین هاپلوتایپ با استفاده از ریلکس‌سازی بهینه‌سازی چندجمله‌ای

سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 278

فایل این مقاله در 9 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_TJEE-50-2_030

تاریخ نمایه سازی: 4 آذر 1399

چکیده مقاله:

این مقاله به بررسی تخمین هاپلوتایپ با استفاده از داده‌های توالی DNA می‌پردازد. الگوریتم پیشنهادی با استفاده از ریلکس‌سازی بهینه‌سازی چندجمله‌ای به روش Lasserre  با نام HapLas  معرفی می‌شود. این الگوریتم برپایه استفاده از ساختار گسسته مساله بهینه‌سازی تخمین هاپلوتایپ می‌باشد که با استفاده از تئوری اندازه به یک فضای پیوسته نگاشت می‌گردد. سپس با استفاده از خواص ماتریس ممان، ریلکس‌سازی انجام می‌گیرد. نتایج شبیه‌سازی نشان می‌دهد که استفاده از الگوریتم پیشنهادی منجر به بهبود نرخ بازسازی هاپلوتایپ در مقایسه با الگوریتم‌های متداولSDhaP  و RefHap در حدود 5 درصد می‌گردد. این بهبود به‌ازای افزایش قابل ملاحظه زمان اجرا و پیچیدگی محاسبات حاصل می‌شود به‌طوری که در کاربردهای پزشکی قابل صرف‌نظرکردن است.

نویسندگان

سینا مجیدیان

دانشکده مهندسی برق- دانشگاه علم و صنعت ایران

محمدحسین کهایی

دانشکده مهندسی برق- دانشگاه علم و صنعت ایران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • [1]      مهری ملالو، فاطمه زارع میرک آباد. «پیدا کردن موتیف ...
  • [2]      رسول صادقی، فردین ابدالی محمدی. «ارائه یک روش یادگیری ...
  • [3]      B. Alberts, K. Roberts, J. Lewis, D. Bray, K. ...
  • [4]      J. Shendure, S. Balasubramanian, G. Church, W. Gilbert, J. ...
  • [5]      A. Motahari, G. Bresler and D. Tse, “Information theory ...
  • [6]      C. Cai, S. Sanghavi, and H. Vikalo “Structured low-rank ...
  • [7]      M. Snyder, A. Adey, J. Kitzman, and J. Shendure, ...
  • [8]      G. Klau, and T. Marschall. “A guided tour to ...
  • [9]      V. Bansal and V. “Hapcut: an efficient and accurate ...
  • [10]      E. Berger, D. Yorukoglu, J. Peng, and B. Berger, ...
  • [11]      J. Duitama,  G. McEwen, T. Huebsch, S. Palczewski, S. ...
  • [12]      H. Si, H. Vikalo, and S. Vishwanath. “Information-theoretic analysis ...
  • [13]      J. Lasserre, “Global optimization with polynomials and the problem ...
  • [14]      D. Henrion, J. Lasserre “GloptiPoly: Global optimization over polynomials ...
  • [15]      F. Geraci, “A comparison of several algorithms for the ...
  • [16]      M. Laurent, “Sums of squares, moment matrices and optimization ...
  • [17]      H. Royden, and P. Fitzpatrick. Real Analysis. Pearson. 2010. ...
  • [18]      P. Parrilo, “Semidefinite programming relaxations for semialgebraic problems.” Mathematical ...
  • نمایش کامل مراجع