تجزیه و تحلیل مجموعههای ژنی جهت شناسایی ژنها و مسیرهای زیستی مرتبط با صفات وزن تخممرغ در کل دوره تولید
محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 12، شماره: 3
سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 418
فایل این مقاله در 26 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-12-3_005
تاریخ نمایه سازی: 11 آذر 1399
چکیده مقاله:
هدف: شناسایی ژنهای بزرگ اثر مؤثر بر صفات مهم اقتصادی یکی از مهمترین اهداف اصلاح نژادی در پرورش مرغ است. پژوهش حاضر به منظور مطالعه پویش ژنومی بر اساس آنالیز مجموعههای ژنی برای شناسایی جایگاههای ژنی مؤثر بر صفات مرتبط با وزن تخممرغ نژاد رُد آیلند رِد با استفاده از آرایههای ژنومی با تراکم بالا بوده است.
مواد و روشها: اطلاعات رکوردهای فنوتیپی و ژنوتیپی مرتبط با وزن تخممرغ نمونهها از پایگاه ذخیره ژنومی برخط Figshare استفاده شد. آنالیز پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر در سه مرحله تعیین مکان SNPهای معنیدار با ژن، ارتباط ژنها به طبقات عملکردی و مسیرهای بیوشیمیایی و پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر انجام میشود. بر این اساس، مطالعه پویش ژنومی برای صفات وزن تخممرغ در اولین تخمگذاری و 28، 36، 56، 66، 72 و 80 هفتگی در 1078 قطعه مرغ در برنامه GenABEL انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 ژنهای معنیداری که در داخل و یا 20 کیلوباز بالادست یا پایین دست نشانگرهای SNP معنیدار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژنهای نزدیک به مناطق انتخابی و ژنهای کاندیدا از طریق پایگاههای GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد.
نتایج: در این پژوهش تعداد 9 نشانگر تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزومهای 3، 4، 6، 7، 8، 9، 19، 20 و 22 شناسایی شدند که با ژنهایMC3R ،LEPR ، ECT2، SH3GL2، KCNMA1، SPP1، PCK1، MMP9، PPP1CB، ACOX1 و IGFBP2 مرتبط بودند. تعدادی از این نشانگرهای شناسایی شده در مناطق ژنومی معنیدار با مطالعه پیشین مرتبط با وزن تخممرغ همخوانی داشتند. در تفسیر مجموعه ژنی تعداد 28 مسیر هستی شناسی ژنی و بیوشیمیایی با صفات وزن تخممرغ شناسایی شد (P˂0.01). از این بین، مسیرهایRegulation of feeding behavior،Positive Regulation of apoptotic process،Positive regulation of protein phosphorylation osteoblast differentiation، Positive regulation of gluconeogenesis، Cell-cell junction وFocal adhesion عملکردهای مهمی را در ارتباط با وزن تخممرغ و فرآیند تولید تخم مرغ از طریق رشد اووسیت و تخمکاندازی، تشکیل پروتئین آلبومین و تشکیل پوسته تخم مرغ بر عهده داشتند.
نتیجه گیری: با توجه به تأیید نتایج حاصل از مطالعه قبلی در زمینه پویش ژنومی صفات وزن تخممرغ و شناسایی مناطق ژنومی جدید استفاده از یافتههای این تحقیق میتواند در انتخاب ژنتیکی برنامههای اصلاح نژادی مرغ مفید باشد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
علیرضا جعفری منش
دانشجوی کارشناسی ارشد گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران.
امیر حسین خلت آبادی فراهانی
گروه علوم دامی
محمد حسین مرادی
استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران
حسین محمدی
دانش آموخته دکتری ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز. تبریز، ایران.
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :