شناسایی تعدادی از ژن‌های با الگوی بیان متفاوت بین ارقام مقاوم و حساس گندم در پاسخ به تنش خشکی با استفاده از روش متاآنالیز
محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 12، شماره: 3
سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 464
فایل این مقاله در 20 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-12-3_008
تاریخ نمایه سازی: 11 آذر 1399
چکیده مقاله:
هدف:گندم از مهمترین منابع غذایی بشر می‌باشد که در تولید این محصول، تنش‌های غیرزیستی مانند خشکی، شوری، دما و غیره دخیل می‌باشند. از این رو شناسایی و ارزیابی ژن‌های دخیل در مقاومت به تنش‌ها در این گیاه از اهمیت بالایی برخوردار است. این تحقیق با هدف شناسایی ژن‌های پاسخ دهنده به خشکی و بررسی تفاوت بیان آنها در گندم حساس و مقاوم به خشکی، انجام شد. مواد و روش‌ها: از بین داده‌های موجود در سایت NCBI GEO در سال 2018 داده‌های ریزآرایه مورد نظر جمع‌آوری شدند. کتابخانه‌های تهیه شده دارای ارقام مقاوم و حساس به خشکی، تحت دو شرایط تنش و کنترل بودند. با استفاده از متاآنالیز، ژن‌های تغییر بیان‌یافته تحت شرایط تنش برای هر گروه از ارقام شناسایی شد. از ژن‌های تغییر بیان یافته معنی‌دار شناسایی شده، ژن دئوکسی ژنز کاهش‌دهنده شبه‌پروتئین aci (ARD) برای تایید آزمایشگاهی مورد ارزیابی قرار گرفت. نمونه‌برداری از برگ‌ها در مرحله 4 برگی و در سه زمان 2، 4 و 7 روز بعد از اعمال تنش همراه با نمونه‌ی کنترل، با سه تکرار بیولوژیکی انجام گرفت. استخراج RNA از نمونه‌های برگی با استفاده از محلول استخراج RNx™-plus و واکنش Real time PCR با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن ARD انجام گرفت. نتایج: در بین پروب‌های تغییر بیان‌یافته، به ترتیب 658 و 1561پروب ایدی به طور اختصاصی در ارقام مقاوم و حساس، در شرایط تنش افزایش بیان داشتند. ژن‌های فاکتورهای رونویسی Myb3، ethylene responsive 5a، MIKC-type MADS-boxWM24B و salinity inducible ERF4 در ارقام مقاوم و فاکتورهای رونویسی WRKY15 ، MADS-box TaAGL8، WRKY39 و Myb در ارقام حساس دارای افزایش بیان معنی‌داری بودند. با کمک متاآنالیز ژن‌ها و فاکتورهای رونویسی، با بیان متفاوت بین ارقام حساس و مقاوم گندم شناسایی شدند و از این نتایج، می‌توان برای شناسایی ارقام مقاوم و حساس گندم نسبت به تنش خشکی استفاده کرد. نتایج Real time PCR ژن ARD برای 2 رقم گندم مقاوم به خشکی 6o4 و رقم حساس به تنش خشکی Sundor همسو با نتایج متاآنالیز انجام شده بود و نتیجه‌ی متاآنالیز را تایید کرد. نتیجه‌گیری: با توجه به بررسی رفتار بیانی این ژن و دیگر نتایج بدست آمده متاآنالیز در این مطالعه ، می‌توان گامی موثر در پیش‌بینی مقاومت و حساسیت به خشکی در ارقام مختلف گندم برداشت.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
سحر شجاعی
دانشجوی کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهرکرد
رودابه راوش
استادیار ، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی کشاورزی ، دانشکده کشاورزی ، دانشگاه شهرکرد ، شهرکرد ، ایران.
بهروز شیران
شهرکرد-دانشگاه شهرکرد- دانشکده کشاورزی- گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی
اسماعیل ابراهیمی
دانشیار، گروه زراعت و اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :