بررسی تنوع ژنتیکی و رابطه فیلوژنتیکی برخی ژنوتیپ های کدو با استفاده از مکان ژن ریبوزومی ITS و ژن کلروپلاستی rbcL

روش بارکدگذاری DNA پتانسیل زیادی برای احیاء علم آرایه‌شناسی و مطالعات تنوع زیستی سنتی دارد؛ لذا این روش تاکنون به‌طور گسترده­ای بر روی گیاهان و با اهداف رده‌بندی و آرایه‌شناسی استفاده شده است. در این پژوهش هشت ژنوتیپ مختلف کدو (Cucurbita pepo) در گلدان در قالب طرح کاملاً تصادفی در گلخانه کشت و در مرحله چهار برگی، برگ­های جوان به‌عنوان نمونه برداشت گردید. در گام بعد استخراج DNA، ارزیابی کمی و کیفی آن، PCR و سپس توالی­یابی محصولات PCR انجام شد و تجزیه داده­ها با استفاده از نرم‌افزار Clustalw2 و BioEdit صورت پذیرفت. نتایج نشان داد که در توالی­ نوکلئوتیدی ژن ITS در خانواده کدو،  باز سیتوزین (5/29) بیشترین فراوانی و باز آدنین (3/20) کمترین فراوانی و در توالی­ نوکلئوتیدی ژن rbcL باز آدنین  (4/27) بیشترین فراوانی و باز سیتوزین (1/20) کمترین فراوانی را داشت. برآورد جایگزینی نوکلئوتیدی ژن­های rbcL و ITS در خانواده کدو، مقادیر بالای جایگزینی پیریمیدینی را نشان داد. به‌طوری‌که درصد تبدیل تیمین به سیتوزین در توالی­های نوکلئوتیدهای ژن ITS و rbcL به ­ترتیب 69/31 و 43/20 درصد و درصد تبدیل سیتوزین به تیمین به­ترتیب 05/47 و 04/16 درصد به­دست آمد، پرایمر ITS موفق به شناسایی و تفکیک تنها ۵ ژنوتیپ گردید در حالیکه  rbcL هر ۸ ژنوتیپ را شناسایی کرد. بنابراین پرایمر rbcL جهت توالی یابی کدو مناسب‌تر است.