شبیه سازی دینامیک مولکولی برهمکنش داروی ضد سرطان پاکلیتاکسل با غشای سلولی: بررسی تغییرات انرژی واندروالسی و فاصله مرکز جرم

سال انتشار: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 390

فایل این مقاله در 11 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JME-17-57_002

تاریخ نمایه سازی: 21 اسفند 1399

چکیده مقاله:

به دلیل افزایش روزافزون سرطان و تولید داروی جدید در درمان آن در این تحقیق به بررسی برهمکنش داروی جدید ضد سرطان آبگریز پاکلیتاکسل بر روی غشای سلولی با استفاده از ابزارهای محاسباتی پرداخته شده است. از نرم افزار دینامیک مولکولی NAMD و همچنین، نرم افزار VMD برای آماده سازی فایل های ورودی که از بانک داده های پروتیین گرفته شده بودند˛ جهت شبیه سازی و همچنین تحلیل و بررسی داده های خروجی استفاده شده است. شبیه سازی با استفاده از کنترل کننده های دما و فشار در دمای 310 کلوین بدن و فشار 1 بار در مدت 10 نانو ثانیه انجام گرفته است. معادلات حاکم بر محاسبات˛ معادلات حرکت نیوتنی و پتانسیل استفاده شده در آن پتانسیل لنارد –جونز می باشد. برهمکنش داروی پاکلیتاکسل با غشای سلولی از نظر انرژی واندروالسی و فاصله مرکز جرم مورد بررسی قرار گرفته است که نتایج حاصل از آن نشان دهنده پایداری و جذب نسبتا پایین پاکلیتاکسل به غشای سلولی می باشد. نتایج محاسباتی این پژوهش تائید کننده صحت مطالعات آزمایشگاهی محققان پیشین بوده است. این دارو بنا به خواص آبگریزی خود پایداری و جذب پایینی به غشای سلولی از خود نشان داده است. بنابراین مصرف و تجویز این داروی ضد سرطان به روشهای نوین دارورسانی می تواند بسیار موثرتر و کارامدتر باشد.

کلیدواژه ها:

روش دینامیک مولکولی ، داروی ضد سرطان آبگریز پاکلیتاکسل ، غشای سلول سرطانی

نویسندگان

مائده رحیم نژاد

دانشجو/دانشگاه تهران

بهمن وحیدی

هیات علمی/دانشگاه تهران

بهمن ابراهیمی حسین زاده

استادیار/دانشگاه تهران

فاطمه یزدیان

استادیار/دانشگاه تهران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • [1] I. Ali, Rahis-Uddin, K. Salim, M.A. Rather, W.A. Wani, ...
  • [2] D. J. Tobias, K. Tu, M. L. Klein, "Atomic-scale ...
  • [3] S. E. Feller, "Molecular dynamics simulations of lipid bilayers", ...
  • [4] F. Keshavarz, M.M. Alavianmehr, R. Yousefi, "Molecular dynamics simulation ...
  • [5] J. D. Durrant, J. A. McCammon, "Molecular dynamics simulations ...
  • [6] C. Peetla, A. Stine, and V. Labhasetwar, "Biophysical interactions ...
  • Cachau, et al., "Study. N. Avila-Salas, C. Sandoal, J. Caballero, ...
  • of interaction energies between the PAMAM dendrimer and nonsteroidal anti-inflammatory ...
  • [8] J. P. Jämbeck, E. S. Eriksson, A. Laaksonen, A. ...
  • [9] M. Kang, S. M., Loverde, "Molecular Simulation of the ...
  • [10] Y. Cheng, Q. X. Pei, H. Gao, "Molecular-dynamics studies ...
  • [11] H. Maeda, J. Wu, T. Sawa, Y. Matsumura, K. ...
  • [12] H. Maeda, T. Sawa, and T. Konno, "Mechanism of ...
  • [13] K. Yagi, N. Ohishi, A. Hamada, M. Shamoto, M. ...
  • [14] Z. Hasanzade, H. Raissi, "Investigation of graphene-based nanomaterial as ...
  • [15] R. Bernardi, D. Gomes, P. Pascutti, A. Ito, C. ...
  • [16] Z. Bonyadi and A. Razavi Zadeh, "Molecular dynamic simulation ...
  • ]17[ غلامعلی شفابخش، حسین نادرپور و مانا معتمدی. "مدل‌سازی پاسخ ...
  • ]18[ سعید روحی، یونس علیزاده و رضا انصاری. "بررسی خواص ...
  • ]19[ امین یاسینی و محمود شریعتی. "مدل سازی و شبیه ...
  • [20] J. C. Phillips, R. Braun, W. Wang, J. Gumbart, ...
  • [21] W. Humphrey, A. Dalke, K. Schulten, "VMD: Visual Molecular ...
  • [22] B. R. Brooks, C.L. 3rd. Brooks, A.D. Jr. Mackerell, ...
  • [23] B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, ...
  • [24] T. Panczyk, T. Da Ros, G. Pastorin, A. Jagusiak, ...
  • [25] Y. F. Xing, C. L. Yang, Y. F. Mo, ...
  • [26] W. Schreiner, R. Karch, B. Knapp, N. Ilieva, "Relaxation ...
  • [27] U. Schieborr, S. Sreeramulu, B. Elshorst, M. Maurer, K. ...
  • [28] M. R. Wenk, A. Fahr, R. Reszka, J. Seelig, ...
  • نمایش کامل مراجع