به کارگیری روشی نوین جهت مدل سازی DNA تک رشته ای به منظور مدل سازی آپتامرهای ویبریو کلرا و ارزیابی آن ها در محیط In silico

باکتری ویبریو کلرا عامل بیماری وبا می باشد و در طول قرون گذشته مسئول اپیدمی های جهانی این بیماری عفونی و بسیاری از مشکلات دیگر بوده است. بنابراین توسعه یک روش سریع، حساس و کم هزین برای تشخیص و کنترل گسترش این عامل باکتریایی حائزاهمیت است.در سال های اخیر از آپتامرها به عنوان روشی سریع، حساس، بسیار خاص و کم هزینه در تشخیص و درمان میکروارگانیسم های بیماری زا استفاده شده است. که می تواند جایگزین های روش های سنتی باشد آن ها ویژگی های منحصر به فردی دارند که باعث نسبت به مولکول های شناساگر دیگر، نظیر آنتی بادی ها می گردد. از آن جایی که هیچ ابزار قابل اطمینان و مورد تاییدی یک پروتکل جدید و با به کارگیری ابزارهای مورد استفاده در مدل سازی ساختار دو بعدی وسه بعدی مولکول های RNA و همچنین شبیه سازی دینامیک مولکولی، ساختار سه بعدی مولکول های آپتامر ssDNA ویبریو کلرا مدل شود. سپس برهمکنش آپتامرها موجود با پروتئین OmpU که تا 60درصد از کل روتئین های خارجی غشایی باکتری ویبریو کلرا را تشکیل می دهد ونقش مهمی در بیماری زای عامل وبا بازی می کند، مورد بررسی قرار گرفت. آنالیز نتایج داکینگ نشان داد که آپتامر V.ch27 اتصال قوی تری با بخش خارج سلولی پروتئین غشایی OmpU در سطح سلول ایجاد می کند و OmpU می توداند به عنوان یک هدف بالقوه برای آپتامر V.ch27 در نظر گرفته شود.