ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

بررسی الگوی ترجیح کدونی و ارتباط آن با ژنهایی با بیان متفاوت در بین دو جمعیت گاوهای خالص و آمیخته سیستانی و مونتبیلیارد

محل انتشار: فصلنامه تولیدات دامی، دوره: 22، شماره: 2
سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 298

فایل این مقاله در 12 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/1189540

شناسه ملی سند علمی:

JR_JAP-22-2_001

تاریخ نمایه سازی: 9 اردیبهشت 1400

چکیده مقاله:

هدف از پژوهش حاضر، بررسی الگوی ترجیح کدونی و ارتباط آنها با بیان ژن برای ژنهای با بیان متفاوت در بین نژادهای خالص و آمیخته سیستانی و مونتبیلیارد بود. در این مطالعه، از نتایج تجزیه بیان ژن افتراقی با استفاده از فنآوری RNA-Seq مربوط به نژادهای خالص و آمیخته سیستانی و مونتبیلیارد (دو تیمار و هر تیمار دو تکرار بیولوژیک) استفاده شد. به همین منظور پس از تعیین نواحی ORF برای این ژنها، از نرمافزار CodonW جهت برآورد شاخصهای الگوی ترجیح کدونی ازجمله CAI، ENC، GC و GC۳s استفاده شد. تجزیه ترجیح کدونی برای نواحی ORF ژنهای با بیان متفاوت، وجود همبستگی بالا و معنیداری (۰/۷۴) بین مقادیر شاخص GC کل و GC۳s نشان داد. همچنین همبستگی بالا و معنیداری بین مقادیر ENC با GC کل و GC۳sTو (۰/۶۵و۰/۷۷)  مشاهده شد که نشاندهندهی نقش جهش در شکلگیری کدونها میباشد. بر اساس نتایج بدست آمده در این پژوهش، عواملی ازجمله مقدار GC، جهش و سطح بیان ژن نقش مهمی در شکلگیری کدونها در ژنهای موردمطالعه در این تحقیق داشتند. این مطالعه اولین مقایسه بین گاوهای خالص و آمیخته سیستانی و مونتبیلیارد میباشد که به درک بهتر ساز وکارهای تکاملی شکلگیری الگوی ترجیح کدونی و نیز بررسی ارتباط آن با بیان ژن کمک میکند.

کلیدواژه ها:

گاو آمیخته سیستانی و مونتبیلیارد ، ژنهای متفاوت بیان شده ، ترجیح کدونی ، گاو خالص سیستانیRNA-Seq

نویسندگان

بتول اصغری اسفدن

دانشجوی دکتری، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران

غلامرضا داشاب

دانشیار ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل

محمدحسین بنابازی

استادیار،بخش پژوهشهای بیوتکنولوژی،موسسه تحقیقات علوم دامی کشور،سازمان تحقیقات،آموزش و ترویج کشاورزی،کرج،ایران

محمد رکوعی

دانشیار، گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی،دانشگاه زابل،زابل،ایران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • 1. Barazandeh A, Mohammadabadi MR, Ghaderi M and Nezamabadipour H (2016) ...
  • 3. Bulmer M (1991) The selection-mutation-drift theory of synonymous codon usage. ...
  • 4. Hajjari M, Sadeghi I, Salavaty A, Nasiri H and Birgani ...
  • 5. Hasanzadeh S, Askari H and Sadeghnejad E (2011) Relationship between ...
  • 7. Jalali P, Rahimi Mianji GH, Gholizadeh M, Pakdin Pariz A ...
  • 9. Lesecque Y, Mouchiroud D and Duret L (2013) GC-biased gene ...
  • 10. Misawa K and Kikuno RF (2011) Relationship between amino acid ...
  • 11. Makedonka M, Michael CW, John M, Todd W, Yong Y, ...
  • 12. Novoa EM, Pavon-Eternod M, Pan T, de Pouplana LR (2012) ...
  • 13. Pasandideh M, Mohammadabadi M, Esmailizadeh A and Tarang A (2015) Association ...
  • 14. Plotkin JB and Kudla G (2011) Synonymous but not the ...
  • 15. Sahoo S, Das SS and Rakshit R (2019) Codon usage ...
  • 16. Sharp PM and Li WH (1986) An evolutionary perspective on ...
  • 17. Stenico M, Lloyd AT and Sharp PM (1994) Codon usage ...
  • 18. Sueoka N and Kawanishi Y (2000) DNA G+ C content ...
  • 19. Wei Y, Wang J and Xia X (2016) Coevolution between ...
  • 20. Wright F (1990) The ‘effective number of codons’ used ...
  • 21. Wu Y, Zhao D and Tao J (2015) Analysis ...
  • 22. Yang X, Luo X and Cai X (2014) Analysis ...
    • نمایش کامل مراجع