شناسایی ژنومی تنوع تعداد کپی (CNV) در گوسفند نژاد عربی افغانستان با استفاده از آرایه Ovine ۵۰k SNPChip
محل انتشار: فصلنامه تولیدات دامی، دوره: 22، شماره: 4
سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 328
فایل این مقاله در 13 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JAP-22-4_001
تاریخ نمایه سازی: 14 اردیبهشت 1400
چکیده مقاله:
هدف از این تحقیق شناسایی تنوع تعداد کپی (CNV) در سطح ژنوم یکی از نژادهای گوسفند کشور افغانستان به نام نژاد عربی و بررسی ارتباط مناطق ژنومی حامل این نوع تنوع، با مسیرهای بیولوژیکی مختلف بود. برای این منظور ۱۵ نمونه حیوان با سن های مختلف از محیط پرورش این دام ها در استان هرات افغانستان جمع آوری و سپس با استفاده از آرایه هایIllumina Ovine ۵۰kSNP تعیین ژنوتیپ شدند. پس از اجرای مراحل مختلف کنترل کیفیت داده ها، شناسایی تنوع CNV در سطح ژنوم این حیوانات با استفاده از مدل Hidden Markov نرم افزار PennCNV (نسخه ۱/۰/۳) انجام شد. نتایج حاصل نشان داد که تمام حیوانات مورد مطالعه دارای تغییر در تعداد کپی در سطح ژنوم بودند. در مجموع، ۳۰۶ تنوع CNV در تمام کروموزوم های اتوزومی شناسایی شد. کل طول توالی این مناطق ژنومی معادل ۱۲۸ مگاجفت باز و متوسط CNV به ازای هر گوسفند ۲۰/۴ مگا جفت باز بودند. پس از ادغام مناطق همپوشان در مجموع ۲۸۶ ناحیه CNVR شناسایی شد. این مناطق ژنومی به منظور بررسی مسیرهای متابولیکی مرتبط با آن ها مورد ارزیابی های بیوانفورماتیکی قرار گرفت. نتایج مطالعه هستی شناسی، نشان داد که بسیاری از این مناطق با مسیرهای بیولوژیکی مختلفی مانند باروری و عملکرد تولیدمثلی، خصوصیات لاشه و وزن بدن، توسعه سیستم ایمنی و سیستم اسکلتی-ماهیچه ای در ارتباط هستند.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
رقیه محمودی
دانش آموخته کارشناسی ارشد.گروه علوم دامی، دانشگاه اراک، اراک، ایران
محمدحسین مرادی
استادیار. گروه علوم دامی. دانشکده کشاورزی و محیط زیست. دانشگاه اراک. ایران.
امیر حسین خلت آبادی فراهانی
استادیار. گروه علوم دامی. دانشکده کشاورزی و محیط زیست. دانشگاه اراک. ایران.
محمدعثمان کریمی
استادیار. گروه علوم دامی. دانشکده کشاورزی، دانشگاه هرات، هرات، افغانستان
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :