بررسی سطوح عدم تعادل پیوستگی در ژنوم گاوهای بومی استان فارس با استفاده از داده های متراکم نشانگرهای چند شکل تک نوکلئوتیدی
محل انتشار: فصلنامه پژوهش های علوم دامی، دوره: 27، شماره: 1
سال انتشار: 1396
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 259
فایل این مقاله در 11 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ANIMAL-27-1_002
تاریخ نمایه سازی: 26 اردیبهشت 1400
چکیده مقاله:
زمینه مطالعاتی: شناسایی سطوح عدم تعادل پیوستگی در میان جمعیتها ابزاری مفید در مطالعه تاریخچه جمعیتها و شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات مهم اقتصادی است. هدف: در این تحقیق، به منظور فراهم آوردن اطلاعات پایه مورد نیاز در طراحی مطالعات ارتباطی کل ژنوم و بررسی تغییرات اندازه موثر جمعیت در گاوهای بومی فارس، سطوح عدم تعادل پیوستگی در ژنوم افراد این جمعیت مورد مطالعه قرار گرفت. روش کار: بدین منظور تعداد ۱۰ راس از گاوهای بومی فارس به طور تصادفی نمونه برداری شدند و به کمک تراشه Illumina Bovine HD در ۷۷۷۹۶۲ جایگاه SNP تعیین ژنوتیپ شدند. کنترل کیفی دادهها بر اساس نرخ فراخوانی تعیین ژنوتیپ، انحراف از تعادل هادری–وینبرگ و فراوانی آللهای نادر در جایگاههای مختلف انجام شد و ۵۵۷۱۸ جایگاه برای انجام آنالیزهای بعدی انتخاب شدند. کلیه جفت مقایسههای بین SNPها در سه دسته فاصلهای صفر تا ۱۰، ۱۰ تا ۱۰۰ و ۱۰۰ تا ۱۰۰۰ کیلوبازی تقسیم بندی شدند و متوسط آماره r۲ برای تمامی کروموزومهای غیرجنسی در این فواصل محاسبه شد. نتایج: متوسط r۲ بالاتر از ۳/۰ در فواصل کمتر از Kb ۹ و متوسط r۲ بالاتر از ۲/۰ در فواصل کمتر از Kb ۶۰ مشاهده گردید. مقادیر r۲ بدست آمده در فواصل بین نشانگری کوتاهتر (کمتر از Kb ۱۰۰) از اطمینان بیشتری برخوردار بودند. مقادیر بالای r۲ یافت شده در این مطالعه نشاندهنده سطح بالای بروز همخونی و کاهش شدید جمعیت موثر در گاوهای بومی فارس است. نتیجهگیری نهایی: نتایج این مطالعه میتواند در تعیین تراکم نشانگری مورد نیاز جهت کسب دقت کافی در مطالعات ژنومی احتمالی در گاوهای بومی فارس به کار گرفته شود.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
کریم کریمی
دانش آموخته دکتری گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه شهید باهنر کرمان و عضو انجمن پژوهشگران جوان دانشگاه شهید باهنر کرمان
علی اسماعیلی زاده کشکوئیه
استاد رگروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه شهید باهنر کرمان
مسعود اسدی فوزی
دانشیارگروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه شهید باهنر کرمان
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :