ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

Investigation of the effect of pd۱.۱, pd۱.۵, and pd۱.۹ mutations on pd۱ gene function with a system biology approach

محل انتشار: مجله نوآوری علوم پزشکی و داروسازی آسیای مرکزی، دوره: 1، شماره: 1
سال انتشار: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 329

فایل این مقاله در 7 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/1220581

شناسه ملی سند علمی:

JR_CAJMPSI-1-1_005

تاریخ نمایه سازی: 5 خرداد 1400

چکیده مقاله:

Programmed cell death ۱ (pd۱) is an immune-inhibitory receptor that is expressed in activated T cells. This gene may play a role in inhibition of actual anti- microbial and anti-tumor immunity. In human, this gene is located on the long arm of chromosome ۲. This gene has many variations that three of which are more common. This study was aimed to investigate the influence of pd۱.۱, pd۱.۵, and pd۱.۹ variations on function of pd۱gene based on a bioinformatics approach. In this study, the EPD and PROMO webserver was used to evaluate the pd۱.۱ variation as a promoter mutation. It has been detected in the promoter region by EPD, while the transcription factor arrangement was evaluated by the PROMO server. But, some bioinformatics tools such as ProtScale – ExPASy and Ramachandran plot assay web servers were used to evaluate the effects of codding polymorphisms. Obtained data from EPD showed that the promoter of pd۱ contains ۶۰ nucleotides. Evaluation of upstream of pd۱ revealed that the number of transcription factors could alter the pd۱.۱ variation. With regard to the pd۱.۵ polymorphisms, the result showed that it is considered as a synonymous variation, but the pd۱.۹ was known as a nonsynonymous mutation. Thus, the pd۱.۹ could alter the hydrophobicity and Ramachandran plots of PD۱. The pd۱.۵ mutation may impact the expression of the pd۱gene because it changes the transcription factor arrangement on the upstream of pd۱. Also, the pd۱.۹ substitution could alter the hydrophobicity and Ramachandran plots of protein.

کلیدواژه ها:

PD۱ protein ، genetic mutations ، Bioinformatics ، promoter region ، Gene function

نویسندگان

Mohammad Reza Roshandel

Urology Department of Icahn School of Medicine, Mount Sinai Hospitals, NY, USA.

Hawri Mustafa Bakr

Department of Basic Science, College of Medicine, Hawler Medical University, Erbil, Iraq.

Ramin Lak

Pars Advanced and Minimally Invasive Medical Manners Research Center, Pars Hospital, Iran.

Ruqaya Muhammed Ghareeb Taher Al Barzinji

Department of Basic Science, College of Medicine, Hawler Medical University, Erbil, Iraq.

Khonaw Kader Salh

Department of Basic Science, College of Medicine, Hawler Medical University, Erbil, Iraq.

Kharman Saeed Ibrahim

Department of Basic Science, College of Medicine, Hawler Medical University, Erbil, Iraq.

Feyan Mirdan Abdullah

Department of Basic Science, College of Medicine, Hawler Medical University, Erbil, Iraq.

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Ishida M, Iwai Y, Tanaka Y, Okazaki T, Freeman GJ, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۱۶/S۰۱۶۵-۲۴۷۸(۰۲)۰۰۱۴۲-۶CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedJin HT, Ahmed R, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۰۷/۸۲-۲۰۱۰-۱۱۶CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedAgata Y, Kawasaki A, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۹۳/intimm/۸.۵.۷۶۵CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedIvansson EL, Juko-Pecirep I, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۱۶/j.ygyno.۲۰۰۹.۱۰.۰۸۴CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedNishimura H, Minato N, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۹۳/intimm/۱۰.۱۰.۱۵۶۳CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedNishimura H, Nose M, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۱۶/S۱۰۷۴-۷۶۱۳(۰۰)۸۰۰۸۹-۸CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedDong H, Strome SE, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۳۸/nm۷۳۰CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedFreeman GJ, Long AJ, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۸۴/jem.۱۹۲.۷.۱۰۲۷CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedBlank C, Brown I, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۱۵۸/۰۰۰۸-۵۴۷۲.can-۰۳-۳۲۵۹CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedIwai Y, Ishida M, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۷۳/pnas.۱۹۲۴۶۱۰۹۹CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedStrome SE, Dong H, ...
  • CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedShinohara T, Taniwaki M, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۰۶/geno.۱۹۹۴.۱۵۶۲CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedIshida Y, Agata Y, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۰۲/j.۱۴۶۰-۲۰۷۵.۱۹۹۲.tb۰۵۴۸۱.xCrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedD'Ambrosio D, Fong DC, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۱۶/S۰۱۶۵-۲۴۷۸(۹۶)۰۲۶۵۳-۳CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedChemnitz JM, Parry RV, ...
  • https://doi.org/۱۰.۴۰۴۹/jimmunol.۱۷۳.۲.۹۴۵CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedBlank C, Brown I, ...
  • https://doi.org/۱۰.۴۰۴۹/jimmunol.۱۷۱.۹.۴۵۷۴CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedNishimura H, Honjo T. ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۱۶/S۱۴۷۱-۴۹۰۶(۰۱)۰۱۸۸۸-۹CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedCarreno BM, Collins M. ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۱۴۶/annurev.immunol.۲۰.۰۹۱۱۰۱.۰۹۱۸۰۶CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedLatchman Y, Wood CR, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۳۸/۸۵۳۳۰CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedBrown JA, Dorfman DM, ...
  • https://doi.org/۱۰.۴۰۴۹/jimmunol.۱۷۰.۳.۱۲۵۷CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedCarter LL, Fouser LA, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۰۲/۱۵۲۱-۴۱۴۱(۲۰۰۲۰۳)۳۲:۳۳.۰.CO;۲-۹CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedÖzkaynak E, Wang L, ...
  • https://doi.org/۱۰.۴۰۴۹/jimmunol.۱۶۹.۱۱.۶۵۴۶CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedCuriel TJ, Wei S, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۳۸/nm۸۶۳CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedLoke P, Allison JP. ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۷۳/pnas.۰۹۳۱۲۵۹۱۰۰CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedTrabattoni D, Saresella M, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۱۸۲/blood-۲۰۰۲-۱۰-۳۰۶۵CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedYamazaki T, Akiba H, ...
  • https://doi.org/۱۰.۴۰۴۹/jimmunol.۱۶۹.۱۰.۵۵۳۸CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedKazemi E, Zargooshi J, ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۹۳/bib/bbaa۳۳۸CrossRef Google Scholar full-text PDF PubMedGhaheri M, Kahrizi D, Yari ...
  • http://doi.org/۱۰.۱۴۷۱۵/cmb/ ۲۰۱۶.۶۲.۳.۲۰CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedRahimi A, Mirmoayedi ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۴۷۱۵/cmb/ ۲۰۱۶.۶۲.۴.۱۰CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMedDehghanian F, Kay ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۱۶/j.gene.۲۰۱۵.۰۵.۰۶۳CrossRef Google Scholar full-text PDF Mendeley PubMed ...
    • نمایش کامل مراجع