آنالیز بیوانفورماتیکی ژن موثر در کاهش کادمیوم خاک در گیاه آرابیدوپسیس

مطالعات بیوانفورماتیکی جهت بررسی ساختار یک ژن و نیز عملکرد آن در پاسخ به تنشهای محیطی ابزاری کاربردی بشمار می آید. گیاه آرابیدوپسیس Arabidopsis thaliana بعنوان مدلی مناسب در مطالعات مولکولی گیاهی شناخته و اطلاعات زیادی از آن در پایگاه داده ها در دسترس است. ژن AT۲G۳۷۰۵۰ آرابیدوپسیس براساس پژوهشهای انجام شده در کاهش کادمیوم خاک نقش بسازایی دارد است. در این مطالعه سعی شده است براساس داده های بیوانفورماتیکی این ژن مورد ارزیابی قرار گیرد. براساس نتایج در توالی این ژن درصد تیمین۳۳، آدنین ۲۷، گوآنین ۲۲ و سیتوزین ۱۸ میباشد. این ژن برروی کروموزوم ۲ گیاه قرار دارد و از آن ۴ رونوشت بدست آمده که همه کدکننده پروتئین هستند و ۵۸ اگزون و ۵۴ اینترون دارد. محصول این mRNAها پروتئین کینازی غنی از لوسین است که در پاسخ به تنش در تولید و موجب تجمع عنصر کادمیوم در گیاه و تسطیح خاک از این عنصر میشود. با استفاده از پایگاه NCBI/blast توالی پروتئینی این ژن با mRNA ژن AT۱G۶۷۷۲۰ بیشترین مشابهت را داشت. این لوکوس در درخت فیلوژنی یافت نشد و انجام تحقیقات بیشتر برای یافتن خانواده ژنی توصیه میشود. با کمک ابزارهای بیوانفورماتیک میتوان جنبه های جدیدی از عملکرد و رابطه ژنها را بدست آورد که در مطالعه عملکردهای مختلف ژنها و مسیرهای بیوشیمیایی گوناگون در گیاهان و ژنومیک عملکرد مورد استفاده قرار گیرد.