شناسائی، ارزیابی بیوانفورماتیکی و بررسی بیان ژن DREB۲ در گندم محلی کلک افغانی تحت شرایط تنش شوری
محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 13، شماره: 2
سال انتشار: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 297
فایل این مقاله در 22 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-13-2_006
تاریخ نمایه سازی: 11 مرداد 1400
چکیده مقاله:
هدف: خانواده ژنی DREB، از فاکتورهای رونویسی موثر در تحمل گیاهان به تنشهای محیطی از جمله تنش شوری هستند. پژوهش حاضر با هدف شناسائی و ارزیابی بیان ژن DREB۲ در غلظتهای مختلف شوری در گندم محلی کلک افغانی صورت گرفت. مواد و روشها: تیمار تنش شوری با بکارگیری نمک NaCl به گندم اعمال شد. تیمارهای آزمایشی شامل سطوح مختلف شوری (صفر، ۱۰۰، ۱۵۰، ۲۰۰، ۲۵۰ و۳۰۰ میلیمولار) بود. سپس استخراج RNA و سنتز cDNA انجام شد و تکثیر قطعه اختصاصی ژن DREB۲ با پرایمرهای اختصاصی صورت گرفت. در ادامه ترانسکریپت بدست آمده، برای توالییابی ارسال شد و به منظور شناسائی ژن DREB۲، توالی مورد تحلیل قرار گرفت. نتایج: توالی جزئی ژن DREB۲ گندم محلی کلک افغانی در پایگاه NCBI با شماره دستیابی KR۱۰۶۱۸۹ ثبت گردید. نتایج حاصل از همردیفی، نشان داد که توالی بدست آمده، بیش از ۹۵ درصد با توالی این ژن در گیاهان Triticum dicoccoides و Agropyrum elongatumمشابهت دارد. بررسی ساختار دوم توالی پروتئینی DREB۲ از طریق برنامههای PSIpred و SOPMA نشان داد که این توالی دارای ۴۶ مارپیچ آلفا (۸۶/۳۲ %)، ۱۱ پیچ بتا (۸۶/۷ %)، ۹ رشته بلند (۴۳/۶ %) و ۷۴ مارپیچ تصادفی (۸۶/۵۲ %) میباشد. نتایج ارزیابی بیان ژن DREB۲ نشان داد که غلظت mM ۱۰۰ تنش شوری، تاثیر بسزایی در افزایش بیان ژن دارد. به طورکلی بیشترین تاثیر در بیان ژن DREB۲ را غلظت mM ۱۰۰ تنش شوری داشت و کمترین مقدار مربوط به غلظت mM ۳۰۰ تنش شوری بود. نتیجهگیری: بطور کلی، ژن DREB۲ در مقایسه با سایر ژنهای القاشونده توسط تنش، تحمل گیاه را افزایش میدهد و همین امر موجب شده این ژنها جهت مهندسی ژنتیک و بهبود عملکرد محصولات، هدف مطلوب و مناسبی باشند. به نظر می رسد دلیل اینکه میزان بیان ژن DREB۲ در غلظتهای بالا افزایش نمی یابد، بارگیری نمک بیشتر از توان سلول ها برای انتقال آن باشد. در این شرایط نمک به سیتوپلاسم منتقل میشوند و مانع از فعالیتهای آنزیمی میگردد. همچنین پیامد رایج ناشی از تجمع غلظتهای بالای نمک، تجمع مقادیر زیادی از اکسیژن فعال آزاد (ROS) باشد که میتواند سبب اکسیداسیون پروتئین ها، آسیب به DNA سلولی، پراکسیداسیون لیپیدها و ایجاد اثر متقابل با دیگر اجزای حیاتی سلول گردد که منجر به سمیت سلول میگردد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
داود نادری
دانشگاه زابل. پژوهشکده زیست فناوری کشاورزی. زابل. ایران
محبوبه بصیری
دانشکده کشاورزی. گروه زراعت. دانشگاه زابل. زابل . ایران
سید محسن موسوی
استاد، گروه زراعت، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران.
براتعلی فاخری
گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی دانشکده کشاورزی دانشگاه زابل
سیدکاظم صباغ
گروه زیست شناسی دانشکده علوم دانشگاه یزد
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :