بررسی همبستگی های دامنه بلند DNA برای ژن های موثر بر تولید شیر گاو
محل انتشار: فصلنامه پژوهش های علوم دامی، دوره: 31، شماره: 2
سال انتشار: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 253
فایل این مقاله در 15 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ANIMAL-31-2_003
تاریخ نمایه سازی: 3 مهر 1400
چکیده مقاله:
سابقه و هدف: وجود همبستگی های دامنه بلند در ملکول DNA اشاره به وجود فرآیندهای بازآرایی یا مضاعف شدگی DNA دارد. این نوع پدیده ها کاربرد مستقیم در اصلاح نژاد ندارند و بیشتر در بررسی های تکاملی به کار می روند. در این پژوهش فرض شد که با استخراج همبستگی های دامنه بلند DNA بین تمامی نوکلئوتیدهای مختلف درون یک ژن، می توان به درجه ای از ارتباط بین آن ها در وهله اول دست یافت و از اینرو احتمالا پژوهش های متکی به کشف SNP را بهتر می توان جهت دهی کرد. مواد و روش ها: ۲۴ ژن از ژن های موثر بر تولید شیر گاو در این پژوهش انتخاب شدند. توالی ،طول، شماره دست یابی، تعداد و طول هر اگزون و جایگاه آن بر روی کروموزوم از بانک ژنی NCBI دریافت و توالی ها با فرمت FASTA ذخیره شدند. با استفاده از نرم افزاری که قبلا با زبان #C طراحی شده بود با توجه به خواسته پژوهش، شماره دسترسی ژن های مورد بررسی وارد گردید و خروجی مناسب به دست آمد. برای محاسبه همبستگی های دامنه بلند DNA ژن های مورد بررسی، از نرم افزار CorGen استفاده شد. یافته ها: نتایج نشان داد که سطح معنی داری از همبستگی دامنه بلند در توالی DNA ژن هایی مانند EZR, FGG, KRT۶A, RAB۱A, EIF۳L, TBC۱D۲۰, ZNF۴۱۹, S۱۰۰A۱۶, MRPL۳, TPPP۳, PHF۱۰ وجود دارد. توان کاهشی حاصل از برازش تابع قانون توان روی همبستگی های دامنه بلند بدست آمده از ژن ها با طول های متفاوت، در دامنه ۰.۱۴۶و ۰.۶۴۳ قرار داشتند، لذا می توان نتیجه گرفت که کاهش میزان همبستگی های دامنه بلند با افزایش فاصله بین بازه های توالی DNA از روند تصادفی پیروی نمی کنند. بنابراین، هندسه فرکتال طبیعت نیز در این ژن ها دیده می شود. نتیجه گیری: ژن های مورد بررسی پیچیدگی بالا و مقیاس ناوردایی را در DNA خود دارند. همچنین مشخص شد میزان بسامد حاصل از همبستگی های دامنه بلند در ژن ها متفاوت اما نزدیک به هم بود. پیشنهاد می شود این نواحی از نظر وجود عدم تعادل پیوستگی مورد کنکاش بیشتری قرار گیرند.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
رکسانا آباده
گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی و صنایع غذایی،دانشگاه ازاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران
مصطفی قادری زفره ایی
گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی ،دانشگاه یاسوج
مهدی امین افشار
گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی و صنایع غذایی،دانشگاه ازاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران
سید عباس محمدی
گروه ریاضی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران
محمد چمنی
گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی و صنایع غذایی،دانشگاه ازاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :