برازش شبکه برهمکنش عوامل رونویسی موثر بر نرخ تخمک گذاری و ژن های شناسایی شده با استفاده از تحلیل پروموتردر گاو
محل انتشار: فصلنامه پژوهش های علوم دامی، دوره: 31، شماره: 2
سال انتشار: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 166
فایل این مقاله در 12 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ANIMAL-31-2_004
تاریخ نمایه سازی: 3 مهر 1400
چکیده مقاله:
چکیده اهمیت صفات تولیدمثلی، با توجه به اثر مستقیم بر سودآوری واحدهای پرورشی، روز به روز بیشتر می گردد. یکی از این صفات، نرخ تخمک گذاری است. در این پژوهش، با استفاده از تحلیل ناحیه آغازگر ژن های کاندید مرتبط با نرخ تخمک گذاری، به شناسایی ژن های کاندید جدید و بررسی سازوکارهای مولکولی مرتبط با این صفت پرداخته شد. برای این منظور، ابتدا ژن های کاندید مرتبط با نرخ تخمک گذاری از پایگاه اطلاعاتی NCBI استخراج گردیدند. سپس به کمک نرم افزار Genomatix، عوامل رونویسی که بر ناحیه آغازگر جایگاه اتصال داشتند، مورد کاوش قرار گرفتند. ناحیه آغازگر تمامی ژن ها در رابطه با عوامل رونویسی به دست آمده از مرحله قبل، مورد بررسی قرار گرفت و آن دسته از ژن هایی که برای عوامل رونویسی جایگاه اتصال داشتند، به عنوان ژن های کاندید احتمالی در رابطه با نرخ تخمک گذاری گزارش گردیدند. به منظور بررسی مهمترین عوامل رونویسی و موثرترین ژن های هدف آن ها، از بازسازی شبکه برهمکنش پروتئینی با استفاده از پایگاه اطلاعاتی STRING استفاده گردید. مسیرهای زیستی موثر بر نرخ تخمک گذاری نیز با استفاده از پایگاه اطلاعاتی comparative GO مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج نشان داد عوامل رونویسی موثر بر بیان ژن های شناسایی شده بر نرخ تخمک گذاری می تواند بیان ۵۱ ژن دیگر را سبب گردد. برازش شبکه برهمکنش عوامل رونویسی و ژن-های هدف آن ها نشان داد عوامل رونویسی E۲F۱ و TFDP۱ از مهمترین عوامل رونویسی موثر بر بیان ژن های کنترل کننده تخمک گذاری می باشند و دو ژن CAV۱ و RANBP۱ نیز به عنوان مهمترین ژن های هدف عوامل رونویسی مطرح گردیدند. این ژن ها در تمایز سلولی، تنظیم چرخه ی سلولی و تنظیم رونویسی در تخمک نقش دارند. بر اساس نتایج این پژوهش، مهمترین سازوکارهای مولکولی مرتبط با نرخ تخمک گذاری مسیرهای سیگنالدهی JAK-STAT و تیروزین کیناز بودند. مسیر زیستی مرتبط با تخمک گذاری نیز عامل رشد بتا، مهاجرت سلولی مشخص شد. علاوه بر این مسیرهای زیستی مرتبط با JNK از جنبه های مختلف، تخمک گذاری را تحت تاثیر قرار می دهند.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
علی توانا
دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد دام، بخش علوم دامی، دانشگاه بیرجند
همایون فرهنگ فر
۱. استاد، بخش علوم دامی، دانشگاه بیرجند
الهام بهدانی
آموخته مقطع دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، بخش علوم دام ، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :