شناسایی رونوشت های حلقوی سویا در پاسخ به تنش های کمبود نیتروژن و فسفر

سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 143

فایل این مقاله در 11 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_GEB-9-2_002

تاریخ نمایه سازی: 4 مهر 1400

چکیده مقاله:

سویا که به عنوان یکی از مهم ترین منابع روغن و پروتئین در جهان شناخته می شود، مانند دیگر گونه های گیاهی در معرض تنش های غیرزیستی متنوعی مانند تنش های کمبود فسفر و نیتروژن که از جمله تنش های محدود کننده رشد و میزان تولید محصول هستند قرار دارد. رونوشت های حلقوی که به عنوان رونوشت های جدید غیر رمزکننده شناخته می شوند، نقش مهمی را در پاسخ گیاهان به تنش های زیستی و غیرزیستی بر عهده دارند. با این حال، چگونگی بیان رونوشت های حلقوی در پاسخ به تنش کمبود فسفر و نیتروژن هنوز به طور دقیق مشخص نشده است. در این مطالعه بذرهای سویا تحت تنش های مختلف کمبود فسفر و نیتروژن کشت شد و نمونه برداری از ریشه گیاهان جهت استخراج ترانسکریپتوم انجام شد. پس از استخراج ترانسکریپتوم از نمونه ها و اطمینان از کمیت و کیفیت آن ها، آزمایش توالی یابی با استفاده از نسل جدید توالی یابی انجام شد. پس از دریافت نتایج حاصل از توالی یابی، کیفیت داده ها مورد ارزیابی قرار گرفت و رونوشت های حلقوی با استفاده از پنچ روش مختلف شناسایی شدند. در نهایت نحوه و الگوی بیان رونوشت های حلقوی و نیز عملکرد ژن های رمز کننده آن ها مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از توالی یابی بیش از ۳۶۰ میلیون خوانش تولید کرد و در مجموع ۲۰۳۳ رونوشت حلقوی در همه تیمارها شناسایی شد. با وجود اینکه برخی از رونوشت های حلقوی به طور همزمان در دو یا چند تیمار بیان شدند، اکثر آن ها الگوی بیان وابسته به نوع تیمار تنش داشتند. نتایج نشان داد که رونوشت های حلقوی احتمالا از طریق اتصال به مولکول های هدف، نقش خود را ایفا می کنند. نتایج به دست آمده در این مطالعه نقش احتمالی رونوشت های حلقوی در پاسخ به تنش کمبود نیتروژن و فسفر را پیشنهاد می کند.

نویسندگان

سعید بابائی

Institute of Biotechnology, Shiraz University, Shiraz, Iran

اسماعیل ابراهیمی

Institute of Biotechnology, Shiraz University, Shiraz, Iran

علی نیازی

Institute of Biotechnology, Shiraz University, Shiraz, Iran

مهناز نظامیوند چگینی

Institute of Biotechnology, Shiraz University, Shiraz, Iran

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Bianco RL, Rieger M, Sung SJS (۲۰۰۰). Effect of drought ...
  • Bolger AM, Lohse M, Usadel B (۲۰۱۴). Trimmomatic: a flexible ...
  • Chaves MM, Maroco J, Pereira J, Chaves MM (۲۰۰۳). Understanding ...
  • Cheng, J., Metge, F., & Dieterich, C. (۲۰۱۶). Specific identification ...
  • Chiou TJ, Lin SI (۲۰۱۱). Signaling network in sensing phosphate ...
  • Chu Q, Bai P, Zhu X (۲۰۲۰). Characteristics of plant ...
  • Conn VM, Hugouvieux V, Nayak A (۲۰۱۷). A circRNA from ...
  • DeLuca DS, Levin JZ, Sivachenko H (۲۰۱۲). RNA-SeQC: RNA-seq metrics ...
  • Dobin A, Davis CA, Schlesinger F (۲۰۱۳). STAR: ultrafast universal ...
  • Fischer JW, Leung AK (۲۰۱۷). CircRNAs: a regulator of cellular ...
  • Fredeen AL, Raab TK, Rao IM, Terry N (۱۹۹۰). Effects ...
  • Frink CR, Waggoner PE, Ausubel JH (۱۹۹۹). Nitrogen fertilizer: retrospect ...
  • Gao Y, Zhang J, & Zhao F (۲۰۱۸). Circular RNA ...
  • Good AG, Shrawat AK, Muench DG (۲۰۰۴). Can less yield ...
  • Goodwin S, McPherson JD, McCombie WR (۲۰۱۶). Coming of age: ...
  • Hansen TB, Veno MT, Damgaard CK, Kjems J (۲۰۱۶). Comparison ...
  • Hao QN, Zhou XA, Ai HS et al. (۲۰۱۱). Identification ...
  • Hildebrandt TM, Nunes Nesi A, Araujo WL, Braun HP (۲۰۱۵). ...
  • Hsiao KY, Sun HS, Tsai SJ (۲۰۱۷). Circular RNA–new member ...
  • Jakobi T, Dieterich C (۲۰۱۹). Computational approaches for circular RNA ...
  • Kanehisa M, Goto S (۲۰۰۰). KEGG: kyoto encyclopedia of genes ...
  • Kant S, Bi YM, Rothstein SJ (۲۰۱۰). Understanding plant response ...
  • Kristensen, LS, Andersen MS, Stagsted LV et al. (۲۰۱۹). The ...
  • Lambirth KC, Whaley AM, Blakley IC et al. (۲۰۱۵). A ...
  • Levy SE, Myers RM (۲۰۱۶). Advancements in next-generation sequencing. Annu ...
  • Liang D, Wilusz JE (۲۰۱۴). Short intronic repeat sequences facilitate ...
  • Litholdo CG, Fonseca GC (۲۰۱۸). Circular RNAs and plant stress ...
  • Liu S, Zhang M, Feng F, Tian Z (۲۰۲۰). Toward ...
  • Masclaux-Daubresse C, Daniel-Vedele F, Dechorgnat J et al. (۲۰۱۰). Nitrogen ...
  • Li X, Yang L, Chen LL (۲۰۱۸). The biogenesis, functions, ...
  • Lv L, Yu K, Lu H et al. (۲۰۲۰). Transcriptome-wide ...
  • Memczak S, Jens M, Elefsinioti A et al. (۲۰۱۳). Circular ...
  • Meng X, Li X, Zhang P et al. (۲۰۱۷). Circular ...
  • Ning L, Kan G, Du W et al. (۲۰۱۶). Association ...
  • Pan T, Sun X, Liu Y et al. (۲۰۱۸). Heat ...
  • Qu S, Yang X, Li X et al. (۲۰۱۵). Circular ...
  • Raghothama KG (۱۹۹۹). Phosphate acquisition. Annu Rev Plant Biol ۵۰, ...
  • Ren Y, Yue H, Li L et al. (۲۰۱۸). Identification ...
  • Rivas-Ubach A, Sardans J, Perez-Trujillo M et al. (۲۰۱۲). Strong ...
  • Robinson, M. D., Oshlack, A. (۲۰۱۰). A scaling normalization method ...
  • Sedivy EJ, Wu F, Hanzawa Y (۲۰۱۷). Soybean domestication: the ...
  • Shahbazy M, Moradi P, Ertaylan G et al. (۲۰۲۰). FTICR ...
  • Shan Z, Li S, Liu Y, Yang Z, Yang C, ...
  • Tarazona S, Garcia F, Ferrer A et al. (۲۰۱۱). NOIseq: ...
  • Tian T, Liu Y, Yan H et al. (۲۰۱۷). agriGO ...
  • Ullah N, Yüce M, Gökçe ZNO, Budak H (۲۰۱۷). Comparative ...
  • Wang C, Chen H, Hao Q et al. (۲۰۱۲). Transcript ...
  • Wang Q, Wang J, Yang Y, Du W, Zhang D, ...
  • Wang Y, Zhang C, Hao Q, Sha A, Zhou R, ...
  • Wang Y, Yang M, Wei S (۲۰۱۷). Identification of circular ...
  • Wang K, Wang C, Guo (۲۰۱۹). CropCircDB: a comprehensive circular ...
  • Xiang L, Cai C, Cheng J (۲۰۱۸). Identification of circularRNAs ...
  • Xie C, Mao X, Huang J (۲۰۱۱). KOBAS ۲.۰: a ...
  • Ye CY, Chen L, Liu C (۲۰۱۵). Widespread noncoding circular ...
  • You X, Conrad TO (۲۰۱۶). Acfs: accurate circRNA identification and ...
  • Zheng Y, Hivrale V, Zhang X et al. (۲۰۱۶). Small ...
  • Zeng HQ, Zhu YY, Huang SQ, Yang ZM (۲۰۱۰). Analysis ...
  • Zeng X, Lin W, Guo M, Zou Q (۲۰۱۷). A ...
  • Zhu, YX, Jia JH, Yang L, Xia YC, Zhang HL, ...
  • Zhang XO, Dong R, Zhang Y (۲۰۱۶). Diverse alternative back-splicing ...
  • Zhao W, Cheng Y, Zhang C, You Q, Shen X, ...
  • Zhou R, Zhu Y, Zhao J (۲۰۱۸). Transcriptome-wide identification and ...
  • Zuo J, Wang Q, Zhu B (۲۰۱۶). Deciphering the roles ...
  • A Bianco RL, Rieger M, Sung SJS (۲۰۰۰). Effect of ...
  • Bolger AM, Lohse M, Usadel B (۲۰۱۴). Trimmomatic: a flexible ...
  • Chaves MM, Maroco J, Pereira J, Chaves MM (۲۰۰۳). Understanding ...
  • Cheng, J., Metge, F., & Dieterich, C. (۲۰۱۶). Specific identification ...
  • Chiou TJ, Lin SI (۲۰۱۱). Signaling network in sensing phosphate ...
  • Chu Q, Bai P, Zhu X (۲۰۲۰). Characteristics of plant ...
  • Conn VM, Hugouvieux V, Nayak A (۲۰۱۷). A circRNA from ...
  • DeLuca DS, Levin JZ, Sivachenko H (۲۰۱۲). RNA-SeQC: RNA-seq metrics ...
  • Dobin A, Davis CA, Schlesinger F (۲۰۱۳). STAR: ultrafast universal ...
  • Fischer JW, Leung AK (۲۰۱۷). CircRNAs: a regulator of cellular ...
  • Fredeen AL, Raab TK, Rao IM, Terry N (۱۹۹۰). Effects ...
  • Frink CR, Waggoner PE, Ausubel JH (۱۹۹۹). Nitrogen fertilizer: retrospect ...
  • Gao Y, Zhang J, & Zhao F (۲۰۱۸). Circular RNA ...
  • Good AG, Shrawat AK, Muench DG (۲۰۰۴). Can less yield ...
  • Goodwin S, McPherson JD, McCombie WR (۲۰۱۶). Coming of age: ...
  • Hansen TB, Veno MT, Damgaard CK, Kjems J (۲۰۱۶). Comparison ...
  • Hao QN, Zhou XA, Ai HS et al. (۲۰۱۱). Identification ...
  • Hildebrandt TM, Nunes Nesi A, Araujo WL, Braun HP (۲۰۱۵). ...
  • Hsiao KY, Sun HS, Tsai SJ (۲۰۱۷). Circular RNA–new member ...
  • Jakobi T, Dieterich C (۲۰۱۹). Computational approaches for circular RNA ...
  • Kanehisa M, Goto S (۲۰۰۰). KEGG: kyoto encyclopedia of genes ...
  • Kant S, Bi YM, Rothstein SJ (۲۰۱۰). Understanding plant response ...
  • Kristensen, LS, Andersen MS, Stagsted LV et al. (۲۰۱۹). The ...
  • Lambirth KC, Whaley AM, Blakley IC et al. (۲۰۱۵). A ...
  • Levy SE, Myers RM (۲۰۱۶). Advancements in next-generation sequencing. Annu ...
  • Li X, Yang L, Chen LL (۲۰۱۸). The biogenesis, functions, ...
  • Liang D, Wilusz JE (۲۰۱۴). Short intronic repeat sequences facilitate ...
  • Litholdo CG, Fonseca GC (۲۰۱۸). Circular RNAs and plant stress ...
  • Liu S, Zhang M, Feng F, Tian Z (۲۰۲۰). Toward ...
  • Lv L, Yu K, Lu H et al. (۲۰۲۰). Transcriptome-wide ...
  • Malhotra H, Sharma S, Pandey R (۲۰۱۸). Phosphorus nutrition: plant ...
  • Masclaux-Daubresse C, Daniel-Vedele F, Dechorgnat J et al. (۲۰۱۰). Nitrogen ...
  • Memczak S, Jens M, Elefsinioti A et al. (۲۰۱۳). Circular ...
  • Meng X, Li X, Zhang P et al. (۲۰۱۷). Circular ...
  • Ning L, Kan G, Du W et al. (۲۰۱۶). Association ...
  • Pan T, Sun X, Liu Y et al. (۲۰۱۸). Heat ...
  • Qu S, Yang X, Li X et al. (۲۰۱۵). Circular ...
  • Raghothama KG (۱۹۹۹). Phosphate acquisition. Annu Rev Plant Biol ۵۰, ...
  • Ren Y, Yue H, Li L et al. (۲۰۱۸). Identification ...
  • Rivas-Ubach A, Sardans J, Perez-Trujillo M et al. (۲۰۱۲). Strong ...
  • Robinson, M. D., Oshlack, A. (۲۰۱۰). A scaling normalization method ...
  • Sedivy EJ, Wu F, Hanzawa Y (۲۰۱۷). Soybean domestication: the ...
  • Shahbazy M, Moradi P, Ertaylan G et al. (۲۰۲۰). FTICR ...
  • Shan Z, Li S, Liu Y, Yang Z, Yang C, ...
  • Tarazona S, Garcia F, Ferrer A et al. (۲۰۱۱). NOIseq: ...
  • Tian T, Liu Y, Yan H et al. (۲۰۱۷). agriGO ...
  • Ullah N, Yüce M, Gökçe ZNO, Budak H (۲۰۱۷). Comparative ...
  • Wang C, Chen H, Hao Q et al. (۲۰۱۲). Transcript ...
  • Wang K, Wang C, Guo (۲۰۱۹). CropCircDB: a comprehensive circular ...
  • Wang Q, Wang J, Yang Y, Du W, Zhang D, ...
  • Wang Y, Yang M, Wei S (۲۰۱۷). Identification of circular ...
  • Wang Y, Zhang C, Hao Q, Sha A, Zhou R, ...
  • Xiang L, Cai C, Cheng J (۲۰۱۸). Identification of circularRNAs ...
  • Xie C, Mao X, Huang J (۲۰۱۱). KOBAS ۲.۰: a ...
  • Ye CY, Chen L, Liu C (۲۰۱۵). Widespread noncoding circular ...
  • You X, Conrad TO (۲۰۱۶). Acfs: accurate circRNA identification and ...
  • Zeng HQ, Zhu YY, Huang SQ, Yang ZM (۲۰۱۰). Analysis ...
  • Zeng X, Lin W, Guo M, Zou Q (۲۰۱۷). A ...
  • Zhang XO, Dong R, Zhang Y (۲۰۱۶). Diverse alternative back-splicing ...
  • Zhao W, Cheng Y, Zhang C, You Q, Shen X, ...
  • Zheng Y, Hivrale V, Zhang X et al. (۲۰۱۶). Small ...
  • Zhou R, Zhu Y, Zhao J (۲۰۱۸). Transcriptome-wide identification and ...
  • Zhu, YX, Jia JH, Yang L, Xia YC, Zhang HL, ...
  • Zuo J, Wang Q, Zhu B (۲۰۱۶). Deciphering the roles ...
  • نمایش کامل مراجع