واکاوی ترانسکریپتوم بافت پستانی جهت شناسایی ژن های عمده اثر در فرآیند تولید شیر
سال انتشار: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 280
فایل این مقاله در 7 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_RAP-12-32_018
تاریخ نمایه سازی: 4 مهر 1400
چکیده مقاله:
تولید شیر یکی از مهم ترین صفات اقتصادی در صنعت پرورش گاو شیری است که توسط تعداد زیادی ژن کنترل می شود و تابعی از فعالیت سلولهای اپیتلیال می باشد که تحت تاثیر چندین مسیر بیولوژیکی و اثر متقابل ژنهای مختلف و بیان ژنها می باشند. بیان ژن فرایندی است که در آن از اطلاعات درون ژن استفاده می شود تا یک محصول کاربردی از آن به دست آید، همچنین یکی از مسائل بنیادی است که کمک می کند تا ژنوتیپ به صورت فنوتیپ ظاهر شود. هدف از این مطالعه شناسایی ژنهای موثر بر تولید شیر و رسم شبکه ژنی ژنهای مورد مطالعه جهت شناسایی ژنهای عمده اثر برای فهم بهتر مکانیسم تولید شیر با استفاده از بررسی الگوی بیان ژن طی بررسی های بیوانفورماتیکی می باشد. در این مطالعه به منظور شناسایی ژنها با بیان متفاوت در بافت پستان گاو شیری، داده های بیان ژن مربوط به بافت پستانی با شماره دسترسی GSE۳۳۶۸۰ از بخش GEO بانک اطلاعاتی NCBI استخراج گردید. بررسی کیفیت داده ها با استفاده از بسته Limma موجود در نرم افزار R و با استفاده از روش تحلیل مولفه های اساسی انجام شد. به منظور بررسی عملکرد ژنها با بیان متفاوت از نرم افزار DAVID استفاده شد. پس از شناسایی ژنهای هدف به پایگاه دادهای STRING ارائه شدند، جهت تبین نقش ژنها از نرم افزار Cytoscape استفاده شد. در این مطالعه نتایج تجزیه تفاوت بیان ژنها منجر به شناسایی ۱۴۰۲۰ ژن شد که بر اساس آماره Fold change و adj p-Value تعداد ۴۰۹ ژن افزایش بیان و ۳۲۶ ژن کاهش بیان داشتند. از جمله مسیرهای بیولوژیکی شناخته شده موثر بر تولید شیر NF-KB signaling, Glycerolipid metabolism ،EGFR۱, IL۶, B cell receptor, می باشند. مهم ترین ژنها براساس درجه ارتباط با ژنهای دیگر و مرکزیت درونی و بیرونی ژنهای MYC، KRAS، HSPA۸،ATP۵B ، SRC، JAK۱ و FOXA۲میباشند که نقش آنها در تنظیم تولید شیر در گزاراشات متعددی به اثبات رسیده است.
کلیدواژه ها:
Candida Gene ، Gene expression profile ، Gene network Milk production ، پروفایل بیانی ، تولید شیر ، ژن های کاندیدا ، شبکه ژنی
نویسندگان
سعیده اسکندری نسب
Department of Animal Science, Zabol University, Zabol, Iran
زهرا رودباری
Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, University of Jiroft, Jiroft, Iran
محمدرضا محمدآبادی
Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Iran
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :