پپیش بینی جزایر CpG و متیلاسیون DNA در ژنوم گاو با استفاده از فراتحلیل ریزآرایه DNA و پویش ژنومی
سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 356
فایل این مقاله در 12 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_RAP-11-29_011
تاریخ نمایه سازی: 4 مهر 1400
چکیده مقاله:
متیلاسیون DNA نوعی تغییر فرا ژنتیکی است که به طور مستقیم بر روی DNA تاثیر می گذارد. در پستانداران متیلاسیون DNA برای تکامل جنینی و تمایز سلول بنیادی ضروری است و این پدیده اساسا درون جزایر CpGاتفاق می افتد. در این پژوهش برای بررسی نیم رخ متیلاسیون DNA ژنوم گاو، از دو روش استفاده شد. در روش اول نیم رخ متیلاسیون DNA ژن های با بیان متفاوت حاصل از فراتحلیل داده های ریزآرایه DNA بیماری ورم پستان گاو شیری به دست آمد. برای انجام فراتحلیل داده های ریزآرایه DNA در این روش، از بسته metaDE در محیط R استفاده شد. سپس جهت پیش بینی جزایر CpG در ژن های با بیان متفاوت از ۵ الگوریتم شامل TJ, GF, CpG cluster, HMM ,GHMM استفاده شد. در روش دوم نیم رخ متیلاسیون DNA با استفاده از پویش کل ژنوم گاو انجام گرفت. همچنین جهت پیش بینی جزایر CpG متیله شده در کل ژنوم، ابتدا توسط الگوریتم HMM جزایر CpG در ژنوم گاو و برای هر کروموزوم برآورد شدند و سپس هم پوشانی CpG باHypo/Hyper-Methylation توسط پایگاه برخط Galaxy محاسبه شد. نتایج روش اول نشان داد که از میان ۳۲ ژن با بیان متفاوت، ۱۴ ژن دارای جزایر CpG متیله شده بودند. این ژن ها، شامل ژن هایLTF, APP, CCL۵, CD۴۰, CSNK۱D, CX۳CL۱, DAPP۱, NFKBIZ, S۱۰۰A۹, ISG۱۵, MAP۳K۸, MX۱, RDAD۲, ZC۳H۱۲A بودند. نتایج روش دوم تعداد ۹۰۶۶۸Hypo/Hyper-Methylation را در ژنوم گاو برآورد نمود که تعداد ۹۹۴۲ (%۱۰.۹۶) جزیره CpG باHypo/Hyper-Methylation دارای هم پوشانی بودند و به عنوان CpG متیله شده در نظر گرفته شدند. مقایسات ژنومی بین گونه ای متیلاسیون DNA نشان داد که نیم رخ کلی متیلاسیون DNA در اکثر گونه های مورد بررسی تقریبا مشابه هم بودند و به نظر می رسد که نیم رخ کلی متیلاسیون DNA بین گونه های مختلف به صورت محافظت شده باشد. حاصل این پژوهش نشان داد کنکاش متیلاسیون DNA در بیماری هایی که میزان وراثت پذیری پایینی دارند و بیشتر تحت تاثیر فرایندهای فراژنتیک هستند، ضروری به نظر می رسد.
کلیدواژه ها:
DNA methylation ، CpG islands ، Epigenetic ، Cow ، Meta-analysis ، Algorithm ، متیلاسیون DNA ، جزایر CpG ، فراژنتیک ، گاو ، فراتحلیل ، الگوریتم
نویسندگان
زهرا بیرانوند
University of Guilan, Rasht, Iran
سید ضیاالدین میر حسینی
University of Guilan, Rasht, Iran
مصطفی قادری زفره ایی
Department of Animal Sciences, Yasouj University, Yasouj, Iran
سید حسین حسینی مقدم
University of Guilan, Rasht, Iran
آرش فاضلی
Department of Agriculture and Plant Breeding, Ilam University, Ilam, Iran
کیانوش زرین کاویانی
Faculty member of Ilam University
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :