غربالگری لاین های آلوپلاسمیک برنج (Oryza sativa L.) با استفاده از نشانگر مولکولی RAPD

در سیستم سه لاینی تولید بذر هیبرید برنج، بخش اعظمی از ناخالصی ژنتیکی در مرحله تکثیر و نگهداری لاین های نر عقیم سیتوپلاسمی (CMS) صورت می گیرد، در نتیجه بذور لاین های CMS با بذور لاین های نگهدارنده (B) اختلاط می یابند. در این راستا انگشت نگاری لاین های اصلاحی و شناسایی نشانگرهای اختصاصی، پیش زمینه آزمون خلوص ژنتیکی این لاین ها است. بدین منظور شش لاین نر عقیم سیتوپلاسمی شامل ندا A، نعمت A، دشت A، چمپا A، آمل۳ A و IR۵۸۰۲۵A به همراه شش لاین نگهدارنده باروری با استفاده از ۲۵ آغازگر RAPD مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. به دلیل زمینه ژنتیکی مشابه لاین های CMS و نگهدارنده، لاین های ایزوژن در اکثر مکان های نشانگری از الگوی باندی یکسانی برخوردار بودند. در این پژوهش تنها در مورد آغازگرهای OPH۲۰ و OPH۰۱ به ترتیب قطعه ۹۵۰ و ۸۵۰ نوکلئوتیدی شناسایی گردیدند که قادر به تمایز لاین های CMS و لاین های B از یکدیگر می باشند یعنی لاین های CMS دارای باندهای اختصاصی بوده، در حالی که لاین های نگهدارنده فاقد قطعه مذبور می باشند. جهت بررسی ماهیت هسته ای یا سیتوپلاسمی بودن این باندها، قطعه OPH۲۰-۹۵۰ bp از لاین های ندا A و IR۵۸۰۲۵A جداسازی و با استفاده از سیستم T/A در باکتری Escherichia coli سویه DH۵ همسانه سازی و نهایتا تعیین ترادف گردیدند. آنالیزهای همردیفی قطعه مورد نظر با توالی موجود در بانک ژن، نشان دهنده همولوژی ۹۵ درصدی با توالی ژنوم میتوکندریایی بود. تحقیقا از نتایج این مطالعه می توان در شناسایی و بررسی خلوص ژنتیکی لاین های CMS (نوع WA) استفاده نمود.