تاثیر افزایش تراکم نشانگرها بر صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی

در این مطالعه، ژنومی متشکل از ۳ کروموزوم هریک به طول ۱۰۰ سانتی مورگان شبیه سازی شد. تعداد متفاوت نشانگر روی هر کروموزم با تراکم مختلف (۱۰۰ نشانگر با فواصل ۱ سانتی مورگان، ۲۰۰ نشانگر با فواصل ۰/۵ سانتی مورگان، ۱۰۰۰ نشانگر با فواصل ۰/۱ سانتی مورگان و ۲۰۰۰ نشانگر با فواصل ۰/۰۵) در نظر گرفته شد. ۳۰ مکان صفت کمی یا QTL که به طور تصادفی روی کروموزوم پراکنده شده بودند، شبیه سازی شدند. جمعیتی با اندازه موثر ۱۰۰ فرد (۵۰ نر و ۵۰ ماده) شبیه سازی شدند. این ساختار جمعیتی برای ۵۰ نسل با آمیزش تصادفی ادامه یافت تا عدم تعادل پیوستگی مورد نظر بین نشانگرها و QTLها به وجود آید. بعد از ۵۰ نسل آمیزش تصادفی، اندازه جمعیت به تعداد ۱۰۰۰ فرد (۵۰۰ نر و ۵۰۰ ماده) در نسل ۵۱ گسترش یافت. این اندازه جمعیت برای ۸ نسل بعدی (تا نسل ۵۸) ثابت ماند. برای افراد نسل ۵۱ و ۵۲ فنوتیپ با وراثت پذیری ۰/۵ و ۰/۱ شبیه سازی شد. از اطلاعات فنوتیپی این افراد جهت برآورد اثرات نشانگرها استفاده شد و صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی در افراد این دو نسل و نسل های بعدی محاسبه گردید. نتایج آزمایش اول نشان داد که برای صفات با وراثت پذیری بالا هرچه تراکم نشانگرها بیش تر باشد، صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی نیز بیش تر است. اما برای صفات با وراثت پذیری پایین افزایش تراکم نشانگری تا یک میزان مشخص (تراکم نشانگری با فواصل ۰/۱ سانتی مورگان) باعث افزایش صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی می شود و افزایش تراکم نشانگری بیش از آن سبب کاهش صحت برآوردها می شود. نتایج آزمایش دوم که در آن تنها از اطلاعات فنوتیپی نیمی از افراد نسل های ۵۱ و ۵۲ جهت برآورد اثرات نشانگرها استفاده شده بود، نشان داد که با کاهش تعداد افراد در این گروه صحت برآوردها نیز کاهش می یابد. در هر دو آزمایش، صحت برآوردها در صفات با وراثت پذیری بالا در تراکم نشانگری یکسان بیش تر از صفات با وراثت پذیری پایین بود. نتایج این مطالعه نشان داد که صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی پس از گذشت نسل ها از نسل هایی که آثار نشانگری در آن ها برآورد شده است، به تدریج کاهش می یابد.