دسته بندی اسید های آمینه ی هلیکس های غشایی در پروتئین انتقال دهنده ی سروتونین انسانی
سال انتشار: 1396
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 281
فایل این مقاله در 16 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_SHIMU-25-3_006
تاریخ نمایه سازی: 5 آذر 1400
چکیده مقاله:
مقدمه: پروتئین انتقال دهنده ی سروتونین انسانی (۵-HTT) اهمیت بالایی در مطالعات طراحی دارو دارد و به تازگی شش ساختار حاصل از کریستالو گرافی از آن در دسترس قرار گرفته است. در این پژوهش با استفاده از دو مورد از این ساختار ها و دو مدل ساخته شده به روش همولوژی، به مطالعه ی ترکیب اسید های آمینه ی ۵-HTT پرداخته شده است تا درک بهتری از نقش ساختاری و عملکردی هلیکس های غشایی در انتقال دهنده ها، و هم چنین مزایا و معایب استفاده از مدل های همولوژی در این مطالعات مشخص شود.
مواد و روش ها: ابتدا نواحی هلیکس های غشایی در ۵-HTT به وسیله ی نمودار هیدروپاتی کایت و دولیتل مشخص شد. سپس اسیدهای آمینه ی هلیکس های غشایی با استفاده از روشی نوین بر مبنای موقعیت رزیدو ها نسبت به غشای لیپیدی به ۴ دسته (رو به لیپید، رو به لومن، راست و چپ) تقسیم شدند. هم چنین دو مدل سه بعدی از ۵-HTT نیز با استفاده از نرمافزار MODELLER و بر اساس الگو هایی با شباهت ۳۸ و ۶۰ درصد ساخته شد.
یافته های پژوهش: با استفاده از روش دسته بندی ابداعی توانستیم نتایج جدید و جالبی در مورد نحوه توزیع رزیدو های مختلف در ساختار انتقال دهنده ی سروتونین انسانی به دست آوریم. به طور مثال، علی رغم آن که اکثر رزیدوهای آب گریز هلیکس ها در دسته ی رو به لیپید قرار دارند، درصد قابل توجهی از آن ها در دسته ی رو به لومن حضور دارند. رزیدو های ایزو لوسین، لوسین، والین، ترئونین، آلانین و فنیل آلانین به ترتیب بیش ترین فراوانی را در دسته ی رو به لیپید دارند. بنا بر این الگوهای سه بعدی جایگیری این رزیدو ها، تعیین کننده بیشتر بر هم کنش های میان لیپید های غشایی و پروتئین و نقش این بر هم کنش ها است.
بحث و نتیجه گیری: بر اساس ضرایب همبستگی، ترکیب رزیدو های دسته های رو به لیپید و راست پروتئین بیش ترین شباهت را به یکدیگر دارد. این نکته پیشنهاد می دهد که هلیکس های غشایی احتمالا در تغییر کنفورماسیون ناشی از باز و بسته شدن انتقال دهنده، دستخوش چرخش می شوند. هم چنین مقایسه ی ساختارهای حاصل از کریستالو گرافی با مدلها نشان می دهد استفاده از الگویی با شباهت ۳۸% برای مدل سازی همولوژی پروتئین های انتقال دهنده، هلیکس های غشایی را به نحو نامناسبی مدل می کند. این یافته ها می توانند در درک بهتر ساختار و عملکرد هلیکس های غشایی پروتئین های انتقال دهنده موثر باشند.
کلیدواژه ها:
Residue-level study ، ۵-HTT ، Homology modeling ، Membrane helices ، Membrane transporters ، مطالعه در سطح رزیدو ، پروتئین انتقال دهنده سروتونین انسانی ، مدل سازی همولوژی ، پروتئین های انتقال دهنده ، هلیکس های غشایی
نویسندگان
علی شریعت پناهی
Dept of Cell and Molecular Biology, Tehran University, Tehran, Iran
محمد تقی زاده
Institute of Biochemistry and Biophysics, Tehran University, Tehran, Iran
بهرام گلیایی
Institute of Biochemistry and Biophysics, Tehran University, Tehran, Iran
آرمین مددکار سبحانی
Institute of Biochemistry and Biophysics, Tehran University, Tehran, Iran
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :