ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

مقایسه روش های GBLUP و بیزی در برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی با معماری های مختلف ژنتیکی

محل انتشار: فصلنامه پژوهشهای علوم دامی ایران، دوره: 12، شماره: 2
سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 149

فایل این مقاله در 10 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/1417397

شناسه ملی سند علمی:

JR_JASR-12-2_008

تاریخ نمایه سازی: 21 اسفند 1400

چکیده مقاله:

انتخاب ژنومی با استفاده از نشانگرهای با تراکم بالا، بخصوص SNPهایی که کل ژنوم را پوشش می­دهند و اغلب در عدم تعادل پیوستگی با QTLهای مجاور خود قرار دارند، ارزش ژنتیکی کل را پیش­بینی می­کند. این پژوهش با هدف بررسی تاثیر عواملی چون تراکم نشانگرها، تعداد QTL، وراثت­پذیری صفت و نوع توزیع اثر QTL بر صحت برآورد ارزش­های اصلاحی ژنومی با استفاده از داده­های شبیه­سازی در گوسفند انجام گرفت. به همین منظور ژنومی متشکل از سه کروموزوم، هر یک به طول ۱۰۰ سانتی­مورگان با سه مقدار وراثت­پذیری برای صفت مورد بررسی (۱/۰، ۳/۰ و ۵/۰) و سه پنل نشانگری (۵۰۰، ۱۰۰۰ و ۱۵۰۰) در سه سطح تعداد QTL (۵۰، ۱۰۰ و ۱۵۰) با دو اثر توزیع یکنواخت و گاما برای QTL شبیه­سازی شدند. صحت ارزش­های اصلاحی ژنومی برآورد شده با استفاده از پنج روش GBLUP، بیزA، بیزB، بیزC و بیز LASSO مورد مقایسه قرار گرفتند. نتایج این تحقیق نشان داد که هر چه تراکم نشانگر و وراثت­پذیری صفت افزایش یافته و تعداد QTL موثر بر صفت کمتر باشد، صحت ارزش اصلاحی برآورد شده بالاتر خواهد بود. در بین روش­های آماری زمانی که تعداد QTL موثر بر صفت پایین است و توزیع اثر QTL گاما در نظر گرفته شد، پیش­بینی ارزش­های اصلاحی ژنومی با روش بیزB عملکرد بهتری داشت.

کلیدواژه ها:

نویسندگان

رضا سید شریفی

دانشگاه محقق اردبیلی

فاطمه علاء نوشهر

دانشگاه تبریز

نعمت هدایت ایوریق

دانشگاه محقق اردبیلی

جمال سیف دواتی

دانشگاه محقق اردبیلی

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Buch, L. H., M. K. Sørensen, P. Berg, L. D. ...
  • Calus, M. P. L., T. H. E, Meuwissen, A. P. ...
  • Chamberlain, A. J., H. C. McPartlan, and M. E. Goddard.۲۰۰۷. ...
  • Coster, A., J. W. M, Bastiaansen, M. P. L, Calus, ...
  • Daetwyler, H. D., R. Pong-Wong, B. Villanueva and J. A. ...
  • Gilmour, A. R., R. Thompson, B. R. Cullis. ۱۹۹۵. Average ...
  • Goddard, M.E. ۲۰۰۸. Genomic selection prediction of accuracy and maximization ...
  • Haldane, J. B. S. ۱۹۱۹. The combination of linkage values ...
  • Meuwissen, T. H. E. ۲۰۰۹. Accuracy of breeding values of ...
  • Meuwissen, T. H. E., B. Hayes, and M. E .Goddard. ...
  • Muir, W. M., G. K. S. Wong, Y. Zhang, J. ...
  • Nejati-Javaremi, A., C. Smith, and P. J. Gibson.۱۹۹۷. Effect of ...
  • R Core, T.۲۰۱۵. R A Language and Environment for Statistical ...
  • Saatchi, M., J. Ward, and D. J. Garrick. ۲۰۱۳. Accuracies ...
  • Sargolzaei, M. and F.S. Schenkel.۲۰۰۹. QMSim: a large-scale genome simulator ...
  • Solberg, T. R., A. K. Sonesson., J. A. Woolliams, and ...
  • Sved, J.A. ۱۹۷۱. Linkage disequilibrium and homozygosity of chromosome segments ...
  • Villumsen, T. M., L. Janss, and M. S. Lund.۲۰۰۹. The ...
  • Wimmer, V., C. Lehermeier, T. Albrecht, H. J .Auinger, Y. ...
    • نمایش کامل مراجع