بررسی میزان همخونی ژنومی در گوسفندان بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم (SNP ۶۰۰K)
سال انتشار: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 203
فایل این مقاله در 10 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_RAP-13-35_018
تاریخ نمایه سازی: 3 مرداد 1401
چکیده مقاله:
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: از آنجاییکه، سطح بالای میزان همخونی در حیوانات اهلی، منجر به کاهش تنوع ژنتیکی و افزایش احتمال هموزیگوت بودن برای آلل های مضر می شود. بنابراین، طول عمر حیوانات همخون به دلیل کاهش شایستگی ژنتیکی، کاهش می یابد. فلذا، در طراحی برنامه های اصلاح نژادی پیش آگاهی از میزان همخونی برای کنترل افزایش همخونی و پیامدهای منفی همخونی ضروری است. در این راستا، برای برآورد ضرایب همخونی می توان از داده های ژنومی استفاده کرد. هدف از انجام پژوهش حاضر، بررسی میزان همخونی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP موجود در سراسر ژنوم حاصل از آرایه Illumina OvineSNP۶۰۰K در گوسفندان بومی ایران بود.
مواد و روش ها: در این تحقیق، همخونی ژنومی تعداد ۱۵۴ نمونه شامل ۱۱ نژاد گوسفندان بومی ایران (کرمانی، بلوچی، افشاری، قره گل، سنجابی، سیاه کبود، لری بختیاری، شال، قزل، کیوسی و کبوده شیراز) مورد بررسی قرار گرفت. برای این منظور، از پنج روش مختلف با استفاده از نرم افزار پلینک استفاده شد: شاخصهای مولکولی ضریب همخونی مبتنی بر هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار (FIS)، ضریب همخونی مبتنی بر هموزیگوسیتی (FROH)، ضریب همخونی مبتنی بر ماتریس روابط ژنومی (FGRM)، ضریب همخونی بر اساس تعداد ژنوتیپ های هموزیگوت مشاهده شده و مورد انتظار (FHOM) و همبستگی گامت های ترکیب شونده(FUNI) .
یافته ها: میانگین فراوانی آلل نادر در گوسفندان بومی ایران ۰/۲۶۸ بود. همچنین، میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار به ترتیب ۰/۳۴۱ و۰/۳۶۰ بدست آمد. کمترین میزان همخونی بر اساس FIS مربوط به نژاد بلوچی و بیشترین مربوط به نژاد شال بود. بیشترین میزان FROH (۰/۱۲۹) در گوسفند نژاد کرمانی و کمترین مقدار آن (۰/۰۱۹) در گوسفند نژاد بلوچی مشاهده شد. همچنین، بیشترین میزان شاخصهای FGRM، FHOM و FUNI مربوط به نژاد کرمانی و کمترین مربوط به نژاد بلوچی بود. بیشترین پوشش ROH در کروموزوم ۲۶ (۲۰/۲۳%) مشاهده شد، در حالیکه کمترین آن در کروموزوم ۲ (۶/۶۲%) بود.
نتیجه گیری: تنوع ژنتیکی گوسفندان بومی ایران متوسط و از ۰/۳۱۵ تا ۰/۳۵۴ بود. ROH در همه نژادها یافت شد بطوریکه، میانگین طول قطعات ROH بین ۴۸ تا ۳۱۸ مگاباز و متوسط تعداد قطعات ROH بین ۸ تا ۵۳ متغیر بود. میانگین ضرایب همخونی ژنومی برای کل جمعیت گوسفندان بومی مشابه (۰/۰۵) محاسبه گردید. نتایج این تحقیق بیانگر عدم سطح بالای هم خونی ژنومی در اکثر توده های گوسفند بومی ایران است.
کلیدواژه ها:
Genomic inbreeding ، Genetic diversity ، Heterozygosity ، Iranian native sheep ، Single nucleotide polymorphism ۶۰۰K ، چند شکلی تک نوکلئوتیدی ۶۰۰K ، گوسفندان بومی ایران ، همخونی ژنومی ، هتروزیگوسیتی
نویسندگان
مژده موسی نژاد خبیصی
Department of Animal Science, Kahnooj Branch, Islamic Azad University, Kahnooj, Iran
علی اسمعیلی زاده
Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran
مسعود اسدی فوزی
Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :