ساختار و بیان ژن NFX در مراحل رشدی در گونه های جو، ذرت و گندم

چکیده مبسوط مقدمه و هدف: پروتئین­های NFXL۱ و NFXL۲ دارای موتیف­ های انگشت روی شامل (موتیف اتصال DNA و انگشت (PHD هستند که به­ طور بالقوه برهم کنش پروتئین را واسطه­ گری می­ کنند. ژن­ های NF-X نقش مهمی در پاسخ به سیگنالینگ دفاعی با استفاده از هورمون­های گیاهی دارد. مواد و روش ­ها: در این مطالعه، ۱۲ ژن NF-X در جو، ذرت و گندم انتخاب شدند. ساختار ژن، الگوهای دوبرابرشدگی و درخت فیلوژنتیک برای ۱۲ فاکتور رونویسی NF-X در سه گونه مورد آنالیز قرار گرفت. همچنین، تجزیه و تحلیل مقایسه ای برای شناسایی ارتولوگ­ها و پارالوگ های NF-X در ژنوم ذرت، جو و گندم انجام شد. یافته­ ها: درخت فیلوژنتیک NF-X از جو و ذرت و گندم به  دو گروه تقسیم ­بندی شدند. آنالیز ساختاز ژنی نشان داد که تعداد اگزون ژن­های NF-X بین ۱ تا ۱۳متغیر است. آنالیز سینتنی ژن­های NF-X جو، ذرت و گندم نشان داد که شباهت TaNFXL۱.۲ با  HvNFXL۱و HvNFXL۲  باTaNFXL۱.۳ ، TaNFXL۲،TaNFXL۲.۱  و ZmNFXL۱  با ZmNFXL۱.۱   بیش از ۹۰٪ می­ باشد. آنالیز ژن­های NF-X  نشان داد که دوبرابرشدگی تاندوم و دوبرابرشدگی سگمنتال نقش مهمی در گسترش ژنوم جو و ذرت و گندم دارد. با این حال، تعداد دوبرابرشدگی تاندوم و سگمنتال، نشان داد که این عوامل از عوامل اصلی در تکامل ژن­های NF-X هستند. این اولین مطالعه برای مقایسه ژن­های NF-X در سه گونه گیاهی است،. پیش­ بینی عناصر تنظیمی نشان داد کهNF-YC ،NF-YB ،NF-YA ، bHLH ، myb / SANT ، WRKY ، Dof  و Trihelix  بالاترین فراوانی را در ناحیه آغازگر ژن­های NF-X داشتند. ژن­های HvNF-X۲ و ZmNF-X۲ و TaNF-X۲ بالاترین تعداد سیس المنت­ها را به خود اختصاص دادند. آنالیز بیان ژن­های NF-X نشان داد که این ژن­ها تقریبا در تمامی مراحل رشدی افزایش بیان نشان دادند. نتیجه ­گیری: یافته­ های ما می­ تواند به عنوان منبع مفیدی برای مطالعات آینده ژن­های NF-X در مطالعات مقایسه ­ای بین گونه­های مختلف گیاهی در نظر گرفته شود. هدف از این مطالعه، شناسایی و توصیف ژن­های NF-X در سه گونه از طریق روش تجزیه و تحلیل ژنوم بود. ژن­هایHvNFX۱ ،  HvNF-X۲ و ZmNFXL۱.۱  بیان ژن را در تمام مراحل رشدی نشان دادند. ساختار ژن در اکثر پروتئین­های هر گروه مشابه بود که با طبقه بندی فیلوژنتیک ژن­های NF-X مطابق بود.