مطالعه مقایسه ای پوشش ترانسکریپتومی و چندشکلی های تک نوکلئوتیدی ژنوم میتوکندری در گاو هلشتاین (Bos taurus) در مقابل کلیستانی (Bos indicus)
محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 53، شماره: 3
سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 171
فایل این مقاله در 15 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJAS-53-3_005
تاریخ نمایه سازی: 28 آذر 1401
چکیده مقاله:
هدف از انجام پژوهش حاضر، بررسی دلایل اختلاف بیان ژن بسیار فاحش بین دو زیر گونه گاو هلشتاین و کلیستانی و اهمیت ژنهای میتوکندری این دو نژاد شامل COX۱، COX۲، COX۳، ND۱ وND۲ میباشند که در فرآیندهای مهمی از جمله متابولیسم انرژی، در مقابله با تنشهای زیستی و غیرزیستی و نیز مقاومت به بیماری نقش دارند. در این مطالعه از داده های RNA-Seq مربوط به ادغام ۴۰ نمونه از مرکز گاو شیری دانشگاه ویسکانسین آمریکا (Bos taurus) و ۴۵ گاو ماده کلیستانی (Bos indicus) در مزرعه گوجایتپیر شهر باهاوالپور واقع در ایالت پنجاب پاکستان استفاده شد. جهت بررسی سطح پوشش ترانسکریپتومی و اختلافات ژنتیکی که شامل نواحی چندشکلی، نواحی حذف و اضافه و نواحی اتصال بود از نرم افزار IGB استفاده شد. همچنین جهت تعیین مکان نواحی چندشکل و محاسبه درصد انواع جایگزینیهای انتقالی و تقاطعی نوکلئوتیدها و هم ردیفسازی توالیها نرمافزارهای MEGA۶ و DnaSPV.۵ استفاده شدند. نتایج حاصل از این مطالعه، بیانگر این بود که ژن COX۱ به طول ۱۵۴۲ جفت باز، بیشترین سطح پوشش ترانسکریپتومی (کاوریج) در ژنوم میتوکندری را دارا بود و کمترین سطح پوشش ترانسکریپتومی مربوط به ژن ND۱ بود. در بین ژنهای میتوکندری، ژن COX۱ بیشترین میزان حذف و اضافه را نشان داد که در نژاد هلشتاین بیشتر از کلیستانی بود. تعداد نواحی چندشکل در جایگاه COX۱ بیشتر از سایر ژنها و برابر با ۱۹ ناحیه بود. همچنین نتایج نشان داد که درصد جایگزینی تک نوکلئوتیدی انتقالی در بازها بیشتر از جایگزینی تک نوکلئوتیدی تقاطعی میباشد که دلیل پایداری تغییرات در طی نسلهای متفاوت هستند. بنابراین، دلایل احتمالی تفاوت بیان ژنهای mtDNA میتواند در نتیجه تفاوت در اتفاقات فرآیندهای حذف و اضافه، پوشش ترانسکریپتوم و نواحی چندشکلی باشند.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
احمد تمروسی
دانش آموخته کارشناس ارشد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران
غلامرضا داشاب
دانشیار ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران
محمد حسین بنابازی
دانشیار ژنتیک و اصلاح دام، بخش پژوهش های بیوتکنولوژی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
علی مقصودی
دانشیار ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی و بیوانفورماتیک، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :