بررسی و مقایسه اثر پرایمر در ارزیابی ساختار جوامع باکتریایی خاک مناطق نیمه خشک با روش Illumina Miseq
محل انتشار: فصلنامه زیست شناسی کاربردی، دوره: 35، شماره: 1
سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 198
فایل این مقاله در 19 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JAB-35-1_005
تاریخ نمایه سازی: 13 دی 1401
چکیده مقاله:
مقدمه: هدف از این مطالعه بررسی تاثیر نوع پرایمر در ارزیابی ساختار جمعیت میکروبی در خاک یک اکوسیستم نیمه خشک بوده است. مواد و روشها: DNA نمونههای خاک پس از استخراج و انجام PCR با دو جفت پرایمر مربوط به نواحی V۱-V۳ و V۴-V۵ توالییابی و دادهها با نرم افزار QIME آنالیز شدند. نتایج: آنالیزNext Generation Sequencing نشان داد پرایمر V۴-V۵ توانست ۹۷/۹ درصد از باکتریها را شناسایی کند در حالیکه ۹۰/۴ درصد از باکتریها با جفت پرایمر V۱-V۳ شناسایی شدند. جفت پرایمر V۱-V۳ توانست درصد بیشتری از Proteobacteria (۳۷/۸درصد) را شناسایی کند در صورتیکه جفت پرایمر V۴-V۵ در شناسایی Actinobacteria (۳۳/۶ درصد) بهتر عمل کرده است. بعلاوه جفت پرایمر V۴-V۵ در سطوح تاکسونومیکی راسته، خانواده و جنس تعداد بیشتری را در نمونههای خاک مطالعه شده در مقایسه با جفت پرایمر V۱-V۳ شناسایی کرد. بحث: با وجود عملکرد بهتر پرایمر V۴-V۵ و با توجه به اینکه برخی از اجزای سطوح مختلف تاکسونومیکی با یکی از جفت پرایمرهای استفاده شده شناسایی شدند به نظر میرسد به منظور ارزیابی دقیقتر جمعیتهای میکروبی بهتر است از حداقل دو سری پرایمر استفاده شود.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
مریم تیموری
۱-دانشجوی دکترا ، گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه الزهرا، تهران، ایران ۲- موسسه تحقیقات جنگلها و مراتع کشور، ،سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تهران، ایران
پریسا محمدی
۱-دانشیار ،گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه الزهرا س، تهران، ایران ۲- مرکز تحقیقات میکروبیولوژی کاربردی و بیوتکنولوژی میکروبی، دانشگاه الزهرا، تهران، ایران
عادل جلیلی
استاد،موسسه تحقیقات جنگلها و مراتع کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تهران، ایران
رقیه زارعی
استادیار ، گروه علوم گیاهی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه الزهرا (س)،تهران ، ایران
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :