بررسی تنوع ژنتیکی ژن BRCA۱ در برخی نژادهای گوسفند اهلی و وحشی جهان و ترسیم ساختار فیلوژنتیکی آن ها
سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 169
فایل این مقاله در 11 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_RAP-13-38_019
تاریخ نمایه سازی: 2 بهمن 1401
چکیده مقاله:
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: ژن BRCA۱ که به آن "دروازهبان" می گویند؛ نقش مهمی در روند ترمیم آسیب های DNA، تنظیم چرخه سلولی، تنظیم فرآیند رونویسی، حفظ پایداری کروموزوم و دیگر مسیرهای مهم برای تعمیر و نگهداری از ثبات ژنوم دارد. تحقیق حاضر با هدف انجام آنالیزهای بیوانفورماتیکی و مقایسه تنوع ژنتیکی و ساختار فیلوژنتیکی ژن BRCA۱ در نژادهای مختلف گوسفندان اهلی و وحشی از ۴۹ نژاد در ۶ منطقه جغرافیایی : آسیای غربی، اروپا، چین، شمال آفریقا، جنوب آفریقا و نژاد وحشی (کشور ایران) با استفاده از بانک اطلاعاتی ژنوم NCBI انجام شد.
مواد و روش ها: توالی های مورد نظر با استفاده از نرم افزار MEGA۱۱ هم تراز و درخت فیلوژنتیکی به روش Neighbor-Joining ترسیم شد. همچنین تعداد جهش ها، تنوع نوکلئوتیدی، تنوع هاپلوئیدی، تعداد جایگاه هایی که در آنها جایگزینی مشابه یا غیر مشابه اتفاق افتاده، درصد تفرق ژنی و تبدیل ژنی نیز با استفاده از نرم افزار Dnaspv۵ مورد بررسی قرار گرفت.
یافته ها: تجزیه و تحلیل های مربوط به مقایسه نژادهای موجود در ۶ منطقه جغرافیایی، ۱۱۲ چند شکلی را نشان داد که منجر به ایجاد ۱۹ هاپلوتیپ مختلف با تنوع هاپلوتیپی ۰/۰۳۵ شد. تنوع نوکلئوتیدی و متوسط تفاوتهای نوکلئوتیدی (k) در بین نژادها به ترتیب ۰/۲۰۵ و ۰/۰۵۲ برآورد گردید. تمایز ژنتیکی بین جمعیت گوسفندان چین با جمعیت گوسفندان وحشی کمترین بود. میانگین فواصل ژنتیکی بین تمام مناطق جغرافیایی ۲۹/۰ محاسبه گردید. میانگین نسبت نوکلئوتیدی(A+T) : (G+C) برابر با ۶۲ : ۳۸ % بود که نشان دهنده غالب بودن بازهای سیتوزین و گوانین می باشد. میزان توالی حفاظت شده این تحقیق به طور میانگین ۰/۳۱۳ بود که نشان دهنده چند شکلی بالای این ژن و به وجود آمدن پروتئین های جدید و همچنین عملکردهای جدیدی جهت سازگاری با شرایط مختلف هموستازی می باشد. تعداد موثر کدون ها در این تحقیق ۵۶/۴۱ محاسبه شد. مقدارD تاجیما در آزمون بی طرفی تاجیما ۰/۴۷۸ به دست آمد که نشان دهنده متعادل بودن فشار انتخاب می باشد.
نتیجه گیری: تنوع ژنتیکی بالایی در جمعیت وحشی وجود دارد که از دلایل آن وجود محیط های جنگلی و باز، جلوگیری از رانش ژنتیکی و کاهش آمیزش های خویشاوندی می باشد که بر روی قدرت عضلانی، عادات غذایی، رفتارهای پرخاشگرانه، پاسخ های دفاعی، ادراک حسی مقابله با شرایط و استرس های محیطی مرتبط با بیان ژن BRCA۱ در این جمعیت ها تاثیر گذار می باشد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
علیرضا نیک منش
Department of Animal Science Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran
مسعود اسدی فوزی
Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman,Iran
علی اسمعیلی زاده کشکوئیه
Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman,Iran
حجت اسدالله پور نعنائی
Department of Animal Science Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran
لیلا عزالدین لو
Natural History Museum & Genetic resource Bureau, DOE
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :