تحلیل تبارزائی جدایه ایرانی ویروس نوار زرد تره فرنگی از میزبان سیر براساس نواحی ژنومی CI و CP

چکیدهویروس نوار زرد تره فرنگیLeek yellow stripe virus- LYSV) ) متعلق به جنس Potyvirus و خانواده Potyviridae، به عنوان یکی از بیمارگرهای غالب و مهم با بیماری زایی بالا در میزبان سیر معرفی شده است. در این مطالعه به منظور شناسایی LYSV، نمونه برداری از استان خوزستان، شهرستان شوشتر انجام شد. بدین منظور تعداد ۲۸ نمونه برگی سیر با علائم کلروز نواری، موزائیک و بدشکلی جمع آوری شد. بررسی اولیه آلودگی با استفاده از آغازگر های عمومی پوتی ویروسی مربوط به هریک از نواحی ژنی CI (Cylindrical Inclusion) و NIb (Nuclear Inclusion body) با استفاده از آزمون RT-PCR صورت گرفت. الکتروفورز محصول PCR بر روی ژل آگارز ۱% به ترتیب وجود قطعاتی به طول ۷۰۰ و ۳۵۰ جفت بازی را در ۱۵ نمونه از میان ۲۸ نمونه جمع آوری شده نشان داد. اما نتایج حاصل از تعیین توالی نوکلئوتیدی، صرفا آلودگی سه نمونه از میان ۱۵ نمونه به LYSV را تایید نمود. جهت تکمیل بررسی ها، جدایه ای با نام LYSV-AE۶۵ انتخاب و با استفاده از دو جفت آغازگر اختصاصی مربوط به توالی کامل ژن های CI و CP (Coat Protein) مورد بررسی قرار گرفت. محصول PCR مربوط به هر قطعه ژنومی پس از همسانه سازی در حامل پلاسمیدی pTG۱۹-T، توالی یابی شد. نتایج حاصل از بررسی تبارزائی بر اساس ترادف نوکلئوتیدی هریک از ژن های CI و CP، ارتباط روشنی بین گروه بندی تبارزائی با منشاء جغرافیایی و میزبانی را نشان نداد. در بررسی وقوع نوترکیبی در این جدایه با استفاده از برنامه RDP۴ هیچ نوترکیبی در این نواحی مشاهده نشد. این مطالعه اولین بررسی مولکولی LYSV در ایران می باشد.